Autor: meesters

Troubleshooting 101

Dear Users,

In order to shoot your troubles (with job scripts) you ought to know first. Right? Alas, SLURM is a little bit obfuscating sometimes when job scripts do not use proper job steps. Some hints can be found in our wiki.

Also, be sure to check for available modules rather than compiling standard software yourself. In case some software is missing, you may use our little form to ask for a software or library to be installed. When you report issues with a software we installed - at least we know what you are talking about.

Best,

Your HPC Team

Bachelorarbeiten in der HPC-Gruppe (Bereich Bioinformatik)

Liebe Nutzer,

wir schreiben z. Zt. 2 Bachelorarbeiten im Bereich (Bio-)Informatik oder Biologie aus

  • Implementierung eines NGS-Readmergingalgorithmus In einer bestehenden NGS-Prozessierungssoftware soll ein Algorithmus zum Readmerging implementiert werden. Der Algorithmus ist publiziert und getestet, Ziel der Arbeit ist das Feature zu einer anderen Software hinzuzufügen und zwar im HPC-Kontext, also stark optimiert. Vorausgesetzt werden Basiskenntnisse in Statistik, C und C++.
    Wir bieten eine Einführung in die NGS-Technologie, die Codebasis der Software, Unterstützung zur Programmierung in C++, sowie Parallelisierung mit OpenMP und Profilingtechniken. Eine Veröffentlichung wird angestrebt.
  • Übersichtsarbeit publizierter Bioinformatiksoftware Für Kandidaten mit allgemeinem Interesse an der Bioinformatik bieten wir an eine Übersichtsstatistik publizierter Bioinformatiksofware zu erstellen. Diese Übersicht dient zwei Zielen: 1. Ggf. eine evidenzbasierte Auswahl für unsere Nutzer zu bieten und 2. eine quantitative Schätzung der HPC-Eignung der publizierten Software zu gewinnen.  Insb. zu kategorisieren ist die Codequalität (Anhand etablierter Metriken und Eckpunkten wie Fehlertoleranz) und die Art der Parallelisierung bzw. die Skalierbarkeit (falls vorhanden). Zudem streben wir eine Nutzungsstatistik aktuell auf Mogon verwendeter Software, der erreichten Skalierung und Erhebung der potentiellen Parallelisierung durch Wrapper an.
    Wir bieten eine Einführung in statistisches Hypothesentesten, Hilfestellung im Skripting von Analysescripts, Codemetriken und Literaturrecherche in der Biologie / Bioinformatik. Ziel ist eine Veröffentlichung.

Bei Interesse erhalten Sie nähere Informationen unter hpc@uni-mainz.de .

Ihr HPC-Team

Mailingliste bioinfo-news

Liebe Nutzer,

Um HPC-mäßig auf dem aktuellen Stand zu bleiben oder unseren Tipps&Tricks-Ticker zu lesen, kann man auf unserer Homepage die RSS-feeds abonnieren. Der Ticker wird nach erfolgter Umstellung wieder häufiger "gefüttert".

Zusätzlich haben wir für alle Interessierten eine Bioinformatik-Mailingliste ins Leben gerufen. Wer mag kann sie abonnieren. Ziel der Liste ist

  • der Austausch und Hinweise zu Veranstaltungen rund um Bioinformatik und HPC
  • sowie die Vernetzung lokaler Nutzer.

Ziel ist nicht eine elektronische Diskussionsplattform zu schaffen - dafür gibt es bessere Werkzeuge. Und so rechnen wir mit einem geringen Mailaufkommen auf der Liste.

Ihr HPC-Team

Valgrind on Mogon

Dear Developers,

If interested in finding memory leaks or finding cache misses you might heard of the Valgrind Tool Suite . This tool suite can be used on Mogon, too. You can find the relevant documentation (and the reference to the really good Valgrind documentation), here.

Your HPC-Team

MPI + OpenMP-Kurs in Frankfurt (Main) – März 2017

Liebe Nutzer,

wieder gibt es einen MPI und OpenMP-Kurs. Dieses mal in Frankfurt (Main) vom 13. bis 15. März 2017.

Mehr Infos zum Kurs gibt es hier, da er in Hessen stattfindet, bitten wir zu beachten, dass hessische Nutzer in der Anmeldung vorgezogen werden.

Mehr Infos zu weiteren Veranstaltungen unserer Frankfurter Kollegen gibt es auf deren Webseite.

Ihr HPC-Team

Veröffentlicht am | Veröffentlicht in Aktuelles, Lehre

New OpenMPI-Module(s) supporting MPI 3.1 standard

Dear Users,

We are pleased to announce the installation of new OpenMPI (version 1.10.2) modules, supporting the MPI 3.1 standard. Please check out the respective site in our wiki.

For Fortran users: Please note the different compiler versions - they have to match the compiler version noted in the module string. All other software can be compiled against the default module with the systems compiler (gcc 4.4.7). The wiki gives a more detailed description.

Your HPC-Team

Abgesagt: Tool Day zur Performanceanalyse mit Vtune

Liebe HPC Nutzer,

mangels Nachfrage haben wir den Tool Day zur Performance Analyse abgesagt. Er wurde nicht nur auf unserer Webseite, sondern auch während des Kurses zur Parallelisierung mit MPI und OpenMP angekündigt.

Es ist unser Bestreben "Tool Days" anzubieten, die nützlich für Ihre tägliche Arbeit sein können. In diesem Sinne werten wir die Nachfrage nach dem Tag zur R-Programmierung als Erfolg und hoffen bald weitere Veranstaltungen anbieten zu können. Bitte haben Sie Verständnis dafür, daß gut geplante Veranstaltungen auch "Vorlaufzeit" benötigen.

Ihr HPC-Team

Veröffentlicht am | Veröffentlicht in Aktuelles

Using mogonfs

Dear Users,

We occasionally mentioned that file transfers can be a lot faster, if no encryption (like with scp ) is applied. And for quite a while the wiki stated example will follow asap in the section on ftp. Well, a comprehensive introduction to (l)ftp is not our goal, but at least know we have the promised example.

Your HPC-Team