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MOGON II weiter an der Spitze deutscher Hochleistungsrechner

09.07.2018: Der Mainzer Supercomputer MOGON II weiterhin an der Spitze der schnellsten Hochleistungsrechner an deutschen Universitäten und unter den 100 schnellsten Supercomputern der Welt.

Die Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU) hat 2016 und 2017 die zwei Phasen des Hochleistungsrechners MOGON II in Betrieb genommen, der mit einer Rechenleistung von zwei PetaFLOPS respektive 2.000.000.000.000.000 Gleitkommaoperationen pro Sekunde in der Liste der weltweit 500 schnellsten Rechner im November 2017 auf Platz 65 startete und auch im Juni 2018 mit Platz 87 noch unter den 100 schnellsten Rechnern der Welt rangiert. Damit ist der Mainzer Supercomputer zugleich weiterhin der schnellste Hochleistungsrechner an einer deutschen Universität. In der Liste der energieeffizientesten Supercomputer wird MOGON II weltweit nun auf Position 62 geführt (November 2017: Position 51). Der Name MOGON wurde in Anlehnung an das römische Mogontiacum, dem lateinischen Namen der Stadt Mainz gewählt.

Die Landesregierung, der Bund, die Johannes Gutenberg-Universität Mainz und das Helmholtz Institut Mainz (HIM) haben seit 2016 insgesamt 10,6 Millionen Euro in den neuen Hochleistungsrechner investiert, um die rheinland-pfälzischen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler im Rahmen der Allianz für Hochleistungsrechnen Rheinland-Pfalz (AHRP) bis 2020 mit Rechenleistung der internationalen Spitzenklasse zu unterstützen.

Einführungskursturnus

Liebe Nutzer,

wie schon in einer Rundmail angekündigt werden die Einführungskurse nunmehr in einem dreimonatigem Turnus stattfinden. Einer Einführung in die Nutzung von HPC-Systemen (auch "Mogon-Intro") wird stets eine Einführungs in das Shellscripting (bash) vorausgehen. Bitte beachten Sie: Das Shellscripting zielt auf Teilnehmer, die auch die Nutzung unserer HPC-Systeme beabsichtigen.

Wir werden unsere Einführungen regelmäßig überarbeiten und bitten alle Gruppenleiter ihre Mitglieder, die unsere Systemen nutzen sollen, auf diese Veranstaltungen aufmerksam zu machen. Bitte verlassen Sie sich nicht auf die Gültigkeit alter Kursunterlagen.

Näherer Informationen zur Anmeldung finden Sie hier.

Sollten die Kurse stark nachgefragt sein (angezeigt über volle Wartelisten), versuchen wir zusätzliche Kapazitäten zu schaffen.

Ihr HPC-Team

MOGON II: einer der schnellsten Rechner der Welt

27.11.2017: Der Mainzer Supercomputer MOGON II ist schnellster Hochleistungsrechner an einer deutschen Universität und gehört zu den schnellsten 100 Supercomputern der Welt.

Die Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU) hat im Oktober 2017 die zweite Phase von MOGON II in Betrieb genommen, der mit einer Rechenleistung von zwei PetaFLOPS respektive 2.000.000.000.000.000 Gleitkommaoperationen pro Sekunde in der Liste der weltweit 500 schnellsten Rechner die Position 65 einnimmt. Damit ist der Mainzer Supercomputer zugleich der schnellste Hochleistungsrechner an einer deutschen Universität. In der Liste der energieeffizientesten Supercomputer wird MOGON II weltweit auf Position 51 geführt. Der Name MOGON wurde in Anlehnung an das römische Mogontiacum, dem lateinischen Namen der Stadt Mainz gewählt.

Die Landesregierung, der Bund, die Johannes Gutenberg-Universität Mainz und das Helmholtz Institut Mainz (HIM) haben seit 2016 insgesamt 10,6 Millionen Euro in den neuen Hochleistungsrechner investiert, um die rheinland-pfälzischen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler im Rahmen der Allianz für Hochleistungsrechnen Rheinland-Pfalz (AHRP) bis 2020 mit Rechenleistung der internationalen Spitzenklasse zu unterstützen.

Diese Investition ermöglichte es der JGU, einen Supercomputer aus 1.876 einzelnen Knoten aufzubauen, von denen 822 Knoten mit jeweils zwei 10-Kern Broadwell-Prozessoren und 1.046 Knoten mit jeweils zwei 16-Kern Skylake-Prozessoren von Intel ausgestattet sind. Die mehr als 49.000 Kerne sind mit einem 50 GBit/s Intel Omnipath-Netzwerk zwischen den Knoten gekoppelt und an ein Speichersystem mit 7,5 Petabyte nutzbarer Kapazität angeschlossen. MOGON II wird an der JGU durch das Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) und das Helmholtz-Institut Mainz (HIM) gemeinsam betrieben.

"Die Fortschritte der Computer-Technologie ermöglichen es, dass der neue Hochleistungsrechner bei nahezu siebenfacher Peak-Leistung gegenüber seinem Vorgängersystem mit einer Leistungsaufnahme von 657 kW nur 40 Prozent mehr Strom als dieses benötigt", erklärt Prof. Dr. André Brinkmann, Leiter des Zentrums für Datenverarbeitung der JGU. "Wir können unseren Wissenschaftlern somit bei vergleichsweise nur leicht ansteigenden Unterhaltskosten ein Hochleistungsrechnen der internationalen Spitzenklasse auf dem aktuellen Stand der Technik anbieten."

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Bachelorarbeiten in der HPC-Gruppe (Bereich Bioinformatik)

Liebe Nutzer,

wir schreiben z. Zt. 2 Bachelorarbeiten im Bereich (Bio-)Informatik oder Biologie aus

  • Implementierung eines NGS-Readmergingalgorithmus In einer bestehenden NGS-Prozessierungssoftware soll ein Algorithmus zum Readmerging implementiert werden. Der Algorithmus ist publiziert und getestet, Ziel der Arbeit ist das Feature zu einer anderen Software hinzuzufügen und zwar im HPC-Kontext, also stark optimiert. Vorausgesetzt werden Basiskenntnisse in Statistik, C und C++.
    Wir bieten eine Einführung in die NGS-Technologie, die Codebasis der Software, Unterstützung zur Programmierung in C++, sowie Parallelisierung mit OpenMP und Profilingtechniken. Eine Veröffentlichung wird angestrebt.
  • Übersichtsarbeit publizierter Bioinformatiksoftware Für Kandidaten mit allgemeinem Interesse an der Bioinformatik bieten wir an eine Übersichtsstatistik publizierter Bioinformatiksofware zu erstellen. Diese Übersicht dient zwei Zielen: 1. Ggf. eine evidenzbasierte Auswahl für unsere Nutzer zu bieten und 2. eine quantitative Schätzung der HPC-Eignung der publizierten Software zu gewinnen.  Insb. zu kategorisieren ist die Codequalität (Anhand etablierter Metriken und Eckpunkten wie Fehlertoleranz) und die Art der Parallelisierung bzw. die Skalierbarkeit (falls vorhanden). Zudem streben wir eine Nutzungsstatistik aktuell auf Mogon verwendeter Software, der erreichten Skalierung und Erhebung der potentiellen Parallelisierung durch Wrapper an.
    Wir bieten eine Einführung in statistisches Hypothesentesten, Hilfestellung im Skripting von Analysescripts, Codemetriken und Literaturrecherche in der Biologie / Bioinformatik. Ziel ist eine Veröffentlichung.

Bei Interesse erhalten Sie nähere Informationen unter hpc@uni-mainz.de .

Ihr HPC-Team

Mailingliste bioinfo-news

Liebe Nutzer,

Um HPC-mäßig auf dem aktuellen Stand zu bleiben oder unseren Tipps&Tricks-Ticker zu lesen, kann man auf unserer Homepage die RSS-feeds abonnieren. Der Ticker wird nach erfolgter Umstellung wieder häufiger "gefüttert".

Zusätzlich haben wir für alle Interessierten eine Bioinformatik-Mailingliste ins Leben gerufen. Wer mag kann sie abonnieren. Ziel der Liste ist

  • der Austausch und Hinweise zu Veranstaltungen rund um Bioinformatik und HPC
  • sowie die Vernetzung lokaler Nutzer.

Ziel ist nicht eine elektronische Diskussionsplattform zu schaffen - dafür gibt es bessere Werkzeuge. Und so rechnen wir mit einem geringen Mailaufkommen auf der Liste.

Ihr HPC-Team

Mogon 2 coming soon

Liebe HPC-Nutzer,

Das Hochleistungsrechnen ist eines der dynamischsten Bereiche in der ohnehin schnelllebigen IT-Welt. Nun wird die Technik in Kaiserslautern und Mainz erweitert. Mit dem Ziel, weiterhin Kapazitäten im Hochleistungsrechen nach dem Stand der Technik für die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Landes bereitzustellen.

Für Mogon II werden in Mainz 8,7 Millionen Euro investiert. Die Investition umfasst dabei ein neues Cluster sowie einen neuen Fileserver. Bereits mit der ersten Ausbaustufe des neuen Hochleistungsrechner Mogon II an der JGU ist Rheinland-Pfalz wieder in der Liga der 500 leistungsstärksten Rechner der Welt vertreten (Platz 265, November 2016). Besonders stolz ist man darauf, dass man im Vergleich mit den anderen Clustern identischer Prozessorarchitektur (Broadwell, Xeon E5-2630v4) das effizienteste System in der TOP500 betreibt und damit eine Platzierung in der Top100 in der GREEN500 erzielen konnte (Platz 70).

Die aktuelle Systemkonfiguration von Mogon II findet Sie hier.

Weitere Informationen werden in Kürze veröffentlcht.

Ihr HPC-Team

Vortrag: Fully reproducible and scalable data analysis with Snakemake and Bioconda

Liebe Nutzer,

wir freuen uns am 14. Februar 2017 Dr. Johannes Köster (Centrum Wiskunde & Informatica, Amsterdam und Harvard Medical School) zu Gast zu haben. Er wird um 14:00 Uhr einen Vortrag im Konferenzraum 3 a/b halten "Fully reproducible and scalable data analysis with Snakemake and Bioconda".

Wer sich vorab informieren möchte, kann dies zu snakemake hier tun.

Damit wir Sie über etwaige Änderungen informieren könne und um abzuschätzen, wie stark das Interesse sein wird, bitten wir Sie um einen Eintrag Ihrer Mailadresse.

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Bitte beachten Sie:

Ihre Mailadresse wird nur verwendet, um Sie über Änderungen bezügliches der Vortragszeit oder des Ortes hinzuweisen und Sie ggf. kurz vorher an den Vortrag zu erinnern.

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Mit freundlichen Grüßen,
Ihr HPC-Team

Valgrind on Mogon

Dear Developers,

If interested in finding memory leaks or finding cache misses you might heard of the Valgrind Tool Suite . This tool suite can be used on Mogon, too. You can find the relevant documentation (and the reference to the really good Valgrind documentation), here.

Your HPC-Team