Autor: meesters

Kurs: Parallelisierung mit MPI und OpenMP, Frühling 2020

Veranstaltungsort

Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) der Johannes Gutenberg-Universität Mainz, Anselm-Franz-von-Bentzel-Weg 12, 55128 Mainz, Raum N33 (wird im Gebäude ausgeschildert)

Termin

2018, Montag, 30. März - 2. April; jeweils 9:00 Uhr bis 18:00 Uhr

Beschreibung

Inhalt des Kurses sind die Programmiermodelle MPI und OpenMP. Bei praktischen Übungen (in C und Fortran) können die Teilnehmer die Basis-Konstrukte des Message Passing Interfaces (MPI) und die Shared-Memory Direktiven von OpenMP direkt ausprobieren und testen. Dieser Kurs wird von der Johannes-Gutenberg-Universität Mainz in Zusammenarbeit mit dem HLRS organisiert. Etwa 70% der Kursinhalte richten sich an Programmier-Beginner und etwa 20% an Fortgeschrittene.

Agenda

Die Agenda finden Sie hier.

Sprache

Englisch

Dozent

Dr. Rolf Rabenseifner vom HLRS

Registrierung

Online-Registrierung hier.

Gebühren

Angehörige deutscher Universitäten oder anderer öffentlicher Forschungseinrichtungen: keine.
Andere: 780 EUR.
(Enthält Essen und Trinken während der Kaffeepausen. Gebühren müssen am ersten Tag in Bar bezahlt werden.)

Voraussetzungen

Shellkenntnisse und C oder Fortran

Social Events

An einem Abend planen wir eine Stadtführung (kostenfrei) und ein gemeinsames Essen, wobei jeder seine eigenen Kosten trägt. Wir freuen uns auf einen netten Abend.

Lokale Organisatoren

Christian Meesters, phone 06131 - 39 - 26397, Email: hpc-courses[at]uni-mainz.de (Zentrum fuer Datenverarbeitung, HPC-Gruppe)

Stornierung

Bitte teilen Sie Stornierungen den Organisatoren so schnell wie möglich via Email mit, damit andere Teilnehmer nachrücken können. Es werden keine Stornierungsgebühren erhoben.
Person die nicht erscheinen und sich nicht abmelden werden für ein Jahr bei allen unserer Kurse gesperrt.

Materialien

Jeder Teilnehmer erhält eine Kopie aller Kursfolien.
Der MPI-1 Teil des Kurses basiert auf einem Kurs des EPCC Education and Training Centre, Edinburgh Parallel Computing Centre.
Käuflich sind Kopien des MPI-3.1 Standards (Hardcover, 17 Euro) und von OpenMP (etwa 14 Euro).

Weitere Kurse

http://www.hlrs.de/training/course-list (Externer Link)

Kontakt

Rolf Rabenseifner, Telefon: 0711 685 65530, Email: rabenseifner[at]hlrs.de
Christian Meesters, phone 06131 - 39 - 26397, Email: meesters[at]uni-mainz.de (Zentrum fuer Datenverarbeitung)

Vortrag: Towards a unified theory of variant calling

Liebe Nutzer,

wir freuen uns am 18. Dezember Johannes Köster (Universitätsklinikum Essen) zu Gast zu haben. Er wird einen Vortrag zum Thema

Towards a unified theory of variant calling

halten. Der Abstract:

The field of variant calling could so far be splitted into small vs. structural and germline vs. somatic, with many specialized algorithms, but no unified solution. We present a novel statistical model that handles all above scenarios in a unified way.

Moreover, the model reaches beyond such standard questions, by allowing to describe and assess arbitrary calling scenarios via boolean logic formulas over allele frequency ranges in arbitrary numbers of samples. Thereby, it not only unifies across all variant size ranges, but also integrates traditional post-hoc filtering steps
into a single statistical assessment. In turn, this enables, for the first time, true bayesian false discovery rate control for variant calling.

Johannes Köster wird am 18. Dezember um 13:30 im Besprechungsraum 3 des ZDV sprechen.

Fragen und Anregungen richten Sie bitte an hpc-colloqium@uni-mainz.de

Ihre HPC Gruppe

Neue Kurse 2020

Liebe Nutzer,

Die Termine für das Jahr 2020 stehen fest, erste Anmeldungen sind möglich. Aufgrund einer Umstellung unserers e-Learningsystems ist das Einschreiben bis auf Weiteres nur angemeldet möglich. Zudem werden Anmeldungen für weitere Termine erst im November freigegeben.

Zur Einführung in den Umgang mit Hochleistungsrechnern bieten wir unseren HPC-Einführungskurs an (auch "HPC-Intro"). Weil hierzu ein Grundwissen über die Kommandozeile (Bash) notwendig ist, bieten wir jeweils etwa eine Woche vor den HPC-Einführungen Bash-Einführungen (auch "Bash-Intro") an.

Die Termine sind wie folgt:

Noch in diesen Jahr: Bash-Intro am 27. und 28. November und die HPC-Einführung am 3. und 4. Dezember. (Die Kurse sind jeweils zweitägig.)
Im nächsten Jahr:
- Eine Einführung in das Programmieren mit C++ vom 9. März bis zum 13. März 2020
- Ein Parallelisierungskurs angeboten durch das HLR Stuttgart bei uns zu MPI und OpenMP vom 30. März bis zum 2. April 2020. Noch ist aus technischen Gründen keine Anmeldung möglich. Wir werden über die mögliche Anmeldung zeitnah informieren
- Eine weitere Bash-Intro am 22. und 23. April 2020 und eine HPC-Einführung am 29. und 30. April 2020
- Ein Workshop zur Nutzung der SeqAn-Sequenzanalysebibliothek für Bioinformatiker (Voraussetzung C++-Kenntnisse) am 6. Mai 2020 (noch keine Anmeldung möglich).
- Weitere Bash-Intros am 26. und 27. August 2020 sowie am 25. und 26. November 2020, sowie HPC-Einführungen am 2. und 3. September 2020 sowie am 2. und 3. Dezember 2020.

Eine Übersicht und Links zu den Anmeldungen finden Sie hier auf unserer Webseite.

Bitte beachten Sie:

Aufgrund des veralteten e-Learning-Systems ist eine Übersicht und Anmeldung nur nach vorheriger Anmeldung auf der e-Learning Seite möglich. Das ZDV arbeitet mit Hochdruck an einer Lösung. Wir werden mit Etablierung des neuen Systems zeitnah unsere Seite anpassen und weitere Anmeldungen ermöglichen.
Die HPC-Gruppe bietet für das kommende Jahr nur 3 Paare aus Bash-und HPC-Einführung an. Die Ursache ist, dass wir weitere Kurse anbieten, u. a. die beiden C++-Kurse und auch noch weitere Kurse anbieten möchten. Sollten wir durch eine lange Warteliste erkennen, dass Bedarf an
weiteren Kursen besteht, werden wir zusätzliche Kurse anbieten.

Ihre HPC Gruppe

Re-Structured Dokuwiki

Dear Users,

In attempt to improve on the structure of the wiki - such that more will more readily find relevant information - we re-structured the wiki. In particular:

The entry on ATLAS is not top-level any more, but rather sorted into the physics section.
Everything on development, from editors to debugging, has been removed from the top-level page, too. It can now be found in a comprehensive page in a dedicated section.
In particular, notes on "scripting languages" are removed from the top-level page, too. Leaving only a short-cut link to a dedicated section within the development section.

Life-science users, at least those reading along at the bioinf-news mailing list, already know about a dedicated section on life-science, too.

Your HPC-Team

New Scheme for Python-Modulefiles

Dear Users,

Our build framework adopted a new policy to avoid having too many module files. Along goes a change for the Python Modules (Python2 >= 2.7.16 and Python3 >= 3.7.4). In essence, Python modules no longer load the SciPy-Stack, but this has to be loaded separately, paying attention to the matching version.

You will find detailed information in our wiki.

Your HPC-Team

Ankündigung: Debugging Workshop mit TotalView in April

Liebe Nutzer,

wir freuen uns einen Gastdozenten aus der Reihe unserer hessischen Kollegen gewinnen zu können einen Workshop (Lernen durch Beispiele) am 11. April zu TotalView zu halten:

TotalView ist unser Debugging-Werkzeug für Parallelprogramme. Das Programm erlaubt Debugging und erlaubt es Speicherlecks zu finden, "deadlocks" oder "race conditions". Voraussetzung sind Grundkenntnisse in C oder Fortran.

Zur Anmeldung gelangen sie in unserem wiki.

Anmeldungen von externen Gästen bitte durch Mail an: hpc-courses@uni-mainz.de

Ihr HPC Team

MPI + OpenMP-Kurs in Frankfurt (Main) – April 2019

Liebe Nutzer,

wie viele von Ihnen sicherlich wissen bieten wir zusammen mit unseren hessischen Kollegen im jährlichen Wechsel einen Kurs zur Parallelisierung mit MPI und OpenMP an. Dieser Kurs ist für Studierende und Mitarbeiter akademischer Einrichtungen kostenfrei. Teilnahmewünsche aus Rheinland Pfalz werden, zusammen mit denjenigen aus Hessen, bevorzugt berücksichtigt.

Der Kurs wird gehalten von Rolf Rabenseifner (HLRS). Nähere Informationen zum Kurs und zur Anmeldung gibt es auf der Seite unserer hessischen Kollegen. Bei etwaigen Fragen stehen diese unter frankfurt@hpc-hessen.de zur Seite.

Ihr HPC-Team

Kursankündigung: Source Code Management mit dem ZDV gitlab Service – 31. Januar 2019

Liebe Nutzer,

Unsere Kollegen der UNIX-Gruppe werden am 31. Januar nächsten Jahres einen Überblick über das "Versionskontrollwerkzeug" git geben.

Die wichtigsten Kommandos werden gezeigt, wobei der ZDV-eigene Service gitlab.rlp.net verwendet werden wird.

Der Kurs ziel auf Einsteiger in das Quellcodemanagement (oder Source Code Management, kurz SCM). Wir planen einen weiterführenden Kurs anzubieten.

Was ist SCM und worin liegt der Mehrwert?

SCM erlaubt an Quelltexten kollaborativ zu arbeiten
es erlaubt verschiedene Versionen gleichzeitig zu bearbeiten
man kann "das Rad zurückdrehen", bzw. einen alten, funktionierenden Zustand wieder herstellen

Einen guten Überblick bietet dieser Link (EN) oder jener (DE).

Hier kann man sich anmelden.

Ihr HPC Team

Einführungskursetermine: Shell und HPC für 2019

Liebe Nutzer,

die neuen Kurstermine stehen fest. Die Anmeldung, wie stets, via Ilias.

Unsere Bitte an Projekt- und Gruppenleiter: Machen Sie Ihre Mitglieder aufmerksam auf unsere Kurse. Sie dürfen sich auch selber anmelden.

Ihr HPC Team

Creating tarballs the parallel way

Dear Users,

Creating tarballs may sometimes have taken some of your patience, occasionally. Compressing directories is especially useful when prior to transfer or archiving. Well, this too can be done in parallel. We just created a wiki entry on the topic.

Your HPC-Team