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Durch Simulationen am Supercomputer MOGON II mögliche Wirkstoffe gegen Coronavirus gefunden

Hepatitis-C-Medikamente könnten auch gegen Covid-19 helfen / Weltgesundheitsorganisation veröffentlicht Forschungsergebnisse der JGU

Mehrere bereits gegen die Viruserkrankung Hepatitis C verwendete Medikamente können möglicherweise auch gegen die durch das Coronavirus SARS-CoV-2 verursachte Krankheit Covid-19 helfen. Zu diesem Ergebnis sind Wissenschaftler der Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU) durch aufwendige Berechnungen mit dem Supercomputer MOGON II gekommen, der von der JGU und dem Helmholtz-Institut Mainz (HIM) betrieben wird und zu den leistungsfähigsten Computern weltweit zählt.

Wie die Forscher in einer kürzlich auf der Website der Weltgesundheitsorganisation (WHO) veröffentlichten Studie beschreiben, hatten sie simuliert, wie rund 42.000 in öffentlichen Datenbanken aufgeführte Substanzen an bestimmte Proteine von SARS-CoV-2 binden und dadurch das Eindringen des Virus in den menschlichen Körper oder dessen Vermehrung hemmen.

"Dieses als molekulares Docking bezeichnete und seit Jahren anerkannte Verfahren von Computersimulationen ist wesentlich schneller und kostengünstiger als Laborexperimente", erklärt Prof. Dr. Thomas Efferth vom Institut für Pharmazeutische und Biomedizinische Wissenschaften der JGU, der die Studie geleitet hat. "Unseres Wissens sind wir die Ersten, die molekulares Docking im Zusammenhang mit SARS-CoV-2 angewendet haben. Und dass wir dadurch auf mehrere zugelassene Hepatitis-C-Medikamente als besonders erfolgversprechende Kandidaten gestoßen sind, ist sensationell."

Wie die Wissenschaftler anhand von 30 Milliarden einzelner Berechnungen in zwei Monaten herausgefunden haben, binden Substanzen aus den vier Hepatitis-C-Medikamenten Simeprevir, Paritaprevir, Grazoprevir und Velpatasvir mit hoher Wahrscheinlichkeit sehr stark an SARS-CoV-2 und können dadurch möglicherweise Ansteckungen damit verhindern. "Dafür spricht auch, dass es sich bei SARS-CoV-2 genau wie beim Hepatitis-C-Virus um ein sogenanntes einzelsträngiges RNA-Virus handelt, also um ein Virus desselben Typs", so Efferth. Möglicherweise sehr stark gegen SARS-CoV-2 wirkt nach den Ergebnissen der Forscher auch ein in Asien bereits gegen verschiedene andere Erkrankungen verwendeter Naturstoff aus dem Japanischen Geißblatt (Lonicera japonica). "Unsere Ergebnisse müssen nun durch Laborexperimente und klinische Studien überprüft werden", betont Efferth. Schon bei der Suche nach Wirkstoffen gegen die Coronaviren MERS-CoV und SARS-CoV sei molekulares Docking erfolgreich eingesetzt worden.

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Ihr HPC-Team

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Hiwi gesucht …


Die High Performance Computing Gruppe des Zentrums für Datenverarbeitung sucht zum nächstmöglichen Zeitpunkt eine wissenschaftliche Hilfskraft mit einer Wochenarbeitszeit von 5 Stunden zur Ausarbeitung, Gestaltung und Erstellung des Außenauftritts.

Voraussetzungen:
  • Interesse an der Mitgestaltung des „Corporate Design“ der HPC-Gruppe
  • Erfahrungen und sicherer Umgang mit Adobe- InDesign, Illustrator und
    Photoshop und Co.
  • Kreativität, Ideenreichtum und Eigeninitiative.
  • Eigenständige, ergebnisorientierte, gründliche Arbeitsweise
Aufgaben:
  • Erstellung von Vorlagen für Flyer, Poster und Werbemitteln unter
    Beachtung des Corporate Designs der JGU
  • Gestaltung von Grafiken und Logos
  • Erstellen einer Farbpalette für Drucke
  • Dokumentation und Archivierung

Kontakt:

Haben Sie Lust bekommen, bei uns mitzuarbeiten? Dann schicken Sie bitte Ihre Bewerbung an:

hpc@uni-mainz.de

Kurs: Parallelisierung mit MPI und OpenMP, Frühling 2020

Veranstaltungsort

Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) der Johannes Gutenberg-Universität Mainz, Anselm-Franz-von-Bentzel-Weg 12, 55128 Mainz, Raum N33 (wird im Gebäude ausgeschildert)

Termin

2018, Montag, 30. März - 2. April; jeweils 9:00 Uhr bis 18:00 Uhr

Beschreibung

Inhalt des Kurses sind die Programmiermodelle MPI und OpenMP. Bei praktischen Übungen (in C und Fortran) können die Teilnehmer die Basis-Konstrukte des Message Passing Interfaces (MPI) und die Shared-Memory Direktiven von OpenMP direkt ausprobieren und testen. Dieser Kurs wird von der Johannes-Gutenberg-Universität Mainz in Zusammenarbeit mit dem HLRS organisiert. Etwa 70% der Kursinhalte richten sich an Programmier-Beginner und etwa 20% an Fortgeschrittene.

Agenda

Die Agenda finden Sie hier.

Sprache

Englisch

Dozent

Dr. Rolf Rabenseifner vom HLRS

Registrierung

Online-Registrierung hier.

Gebühren

Angehörige deutscher Universitäten oder anderer öffentlicher Forschungseinrichtungen: keine.
Andere: 780 EUR.
(Enthält Essen und Trinken während der Kaffeepausen. Gebühren müssen am ersten Tag in Bar bezahlt werden.)

Voraussetzungen

Shellkenntnisse und C oder Fortran

Social Events

An einem Abend planen wir eine Stadtführung (kostenfrei) und ein gemeinsames Essen, wobei jeder seine eigenen Kosten trägt. Wir freuen uns auf einen netten Abend.

Lokale Organisatoren

Christian Meesters, phone 06131 - 39 - 26397, Email: hpc-courses[at]uni-mainz.de (Zentrum fuer Datenverarbeitung, HPC-Gruppe)

Stornierung

Bitte teilen Sie Stornierungen den Organisatoren so schnell wie möglich via Email mit, damit andere Teilnehmer nachrücken können. Es werden keine Stornierungsgebühren erhoben.
Person die nicht erscheinen und sich nicht abmelden werden für ein Jahr bei allen unserer Kurse gesperrt.

Materialien

Jeder Teilnehmer erhält eine Kopie aller Kursfolien.
Der MPI-1 Teil des Kurses basiert auf einem Kurs des EPCC Education and Training Centre, Edinburgh Parallel Computing Centre.
Käuflich sind Kopien des MPI-3.1 Standards (Hardcover, 17 Euro) und von OpenMP (etwa 14 Euro).

Weitere Kurse

http://www.hlrs.de/training/course-list (Externer Link)

Kontakt

Rolf Rabenseifner, Telefon: 0711 685 65530, Email: rabenseifner[at]hlrs.de
Christian Meesters, phone 06131 - 39 - 26397, Email: meesters[at]uni-mainz.de (Zentrum fuer Datenverarbeitung)

Call for proposals for HPC compute resources 2019

The AHRP offers access to HPC resources operated at the Johannes Gutenberg University Mainz to scientist of German universities or research institutions located in Germany. The projects may apply multi-million core-hours. Up to 20% of the compute resources available in MOGON II will be available for this call.

Important Dates

Opening Date 05 December 2019
Application Deadline
07 January 2020, 18:00 CET
21 January 2020, 18:00 CET
Reviews of proposals January 2020
until 16 February 2020
Announcement of decision End of January 2020
17 February 2020
Allocation period for awarded proposals February 2020 until January 2021
March 2020 until February 2021

Available resources

MOGON II offers 836 compute nodes, each with 20 cores (2x Intel 2630v4) and 1.136 compute nodes, each with 32 cores (2x Intel 6130 Gold) with memory between 64GB and 1.5TB connected with 100Gbps Omni-Path. Each node offers local SSD storage of 150GB or 350GB.
Additionally, 29 GPU nodes with 6 GTX 1080Ti are available.
Parallel file system with 2PB project space and 1PB scratch space is available.

Application process

Project sizes are
1) < 1.2 mio. core hours (Project Class M, 100 NE per month)
2) < 6.0 mio. core hours (Project Class L, 500 NE per month)
3) > 6.0 mio. core hours (Project Class XL, >500 NE per month)
(1NE = 1000 core hours)

Large projects (L / XL) should provide a well defined work plan and ideally scaling curves in the proposal. The amount of project storage should be outlined as well. Additional information about I/O (bandwith,IOPS,access-pattern) is welcome.

If you have not used MOGON II yet we recommend that you apply for a test project at first. You will get quick access to the cluster and will be able to test you code and perform scaling tests that are recommended for an application for bigger projects.

Approved DFG-proposals maybe attached to your proposal.

Please submit your proposal for MOGON II via AHRP-Antrag. 

The steering committee will approve or reject projects according to the results of a technical review at the JGU and a scientific peer review.

Obligations

Please acknowledge the ressources and the support provided by the JGU Mainz, i.e.

The authors gratefully acknowledge the computing time granted on the supercomputer Mogon II at Johannes Gutenberg University Mainz (hpc.uni-mainz.de).

Within 3 months after the end of a project a final report should be submitted. The final reports will be published on berichte.ahrp.info every two years by the AHRP.

The rules of the AHRP apply

Contact

If you have any questions regarding the application you may reach us at hpc@uni-mainz.de.

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Vortrag: Towards a unified theory of variant calling

Liebe Nutzer,

wir freuen uns am 18. Dezember Johannes Köster (Universitätsklinikum Essen) zu Gast zu haben. Er wird einen Vortrag zum Thema

Towards a unified theory of variant calling

halten. Der Abstract:

The field of variant calling could so far be splitted into small vs. structural and germline vs. somatic, with many specialized algorithms, but no unified solution. We present a novel statistical model that handles all above scenarios in a unified way.

Moreover, the model reaches beyond such standard questions, by allowing to describe and assess arbitrary calling scenarios via boolean logic formulas over allele frequency ranges in arbitrary numbers of samples. Thereby, it not only unifies across all variant size ranges, but also integrates traditional post-hoc filtering steps
into a single statistical assessment. In turn, this enables, for the first time, true bayesian false discovery rate control for variant calling.

Johannes Köster wird am 18. Dezember um 13:30 im Besprechungsraum 3 des ZDV sprechen.

Fragen und Anregungen richten Sie bitte an hpc-colloqium@uni-mainz.de

Ihre HPC Gruppe

Neue Kurse 2020

Liebe Nutzer,

Die Termine für das Jahr 2020 stehen fest, erste Anmeldungen sind möglich. Aufgrund einer Umstellung unserers e-Learningsystems ist das Einschreiben bis auf Weiteres nur angemeldet möglich. Zudem werden Anmeldungen für weitere Termine erst im November freigegeben.

Zur Einführung in den Umgang mit Hochleistungsrechnern bieten wir unseren HPC-Einführungskurs an (auch "HPC-Intro"). Weil hierzu ein Grundwissen über die Kommandozeile (Bash) notwendig ist, bieten wir jeweils etwa eine Woche vor den HPC-Einführungen Bash-Einführungen (auch "Bash-Intro") an.

 

Die Termine sind wie folgt:

  • Noch in diesen Jahr: Bash-Intro am 27. und 28. November und die HPC-Einführung am 3. und 4. Dezember. (Die Kurse sind jeweils zweitägig.)
  • Im nächsten Jahr:
    • Eine Einführung in das Programmieren mit C++ vom 9. März bis zum 13. März 2020
    • Ein Parallelisierungskurs angeboten durch das HLR Stuttgart bei uns zu MPI und OpenMP vom 30. März bis zum 2. April 2020. Noch ist aus technischen Gründen keine Anmeldung möglich. Wir werden über die mögliche Anmeldung zeitnah informieren
    • Eine weitere Bash-Intro am 22. und 23. April 2020 und eine HPC-Einführung am 29. und 30. April 2020
    • Ein Workshop zur Nutzung der SeqAn-Sequenzanalysebibliothek für Bioinformatiker (Voraussetzung C++-Kenntnisse) am 6. Mai 2020 (noch keine Anmeldung möglich).
    • Weitere Bash-Intros am 26. und 27. August 2020 sowie am 25. und 26. November 2020, sowie HPC-Einführungen am 2. und 3. September 2020 sowie am 2. und 3. Dezember 2020.

Eine Übersicht und Links zu den Anmeldungen finden Sie hier auf unserer Webseite.

Bitte beachten Sie:

  • Aufgrund des veralteten e-Learning-Systems ist eine Übersicht und Anmeldung nur nach vorheriger Anmeldung auf der e-Learning Seite möglich. Das ZDV arbeitet mit Hochdruck an einer Lösung. Wir werden mit Etablierung des neuen Systems zeitnah unsere Seite anpassen und weitere Anmeldungen ermöglichen.
  • Die HPC-Gruppe bietet für das kommende Jahr nur 3 Paare aus Bash-und HPC-Einführung an. Die Ursache ist, dass wir weitere Kurse anbieten, u. a. die beiden C++-Kurse und auch noch weitere Kurse anbieten möchten. Sollten wir durch eine lange Warteliste erkennen, dass Bedarf an
    weiteren Kursen besteht, werden wir zusätzliche Kurse anbieten.

Ihre HPC Gruppe

NVIDIA DGX-1 available

Dear users,

we are happy to announce that we can offer the access to two NVIDIA DGX-1 systems. NVIDIA promotes those as “the most powerful AI system in the world for the most complex challenges”. NVIDIA DGX-1 offers an AI supercomputer (in a box) for superior performance in the fields of artificial intelligence, machine learning and deep learning. Read more on NVIDIA Website.

The machines are equipped with 8 NVIDIA Tesla v100 GPUs with 16GB/GPU or 32GB/GPU, two Intel Xeon E5-2698 v4 2.2 GHz CPUs and 512GB 2nd generation high bandwidth memory yielding a peak performance of 1PFLOPS. The GPUs are interconnected via the NVIDIA NVLink and the network connection consists of 4x InfiniBand 100 Gbps EDR and 2x 10GbE

If you’re intested in using those machines send us an email at hpc@uni-mainz.de

Ankündigung: Debugging Workshop mit TotalView in April

Liebe Nutzer,

wir freuen uns einen Gastdozenten aus der Reihe unserer hessischen Kollegen gewinnen zu können einen Workshop (Lernen durch Beispiele) am 11. April zu TotalView zu halten:

TotalView ist unser Debugging-Werkzeug für Parallelprogramme. Das Programm erlaubt Debugging und erlaubt es Speicherlecks zu finden, "deadlocks" oder "race conditions". Voraussetzung sind Grundkenntnisse in C oder Fortran.

Zur Anmeldung gelangen sie in unserem wiki.

Anmeldungen von externen Gästen bitte durch Mail an: hpc-courses@uni-mainz.de

Ihr HPC Team

MPI + OpenMP-Kurs in Frankfurt (Main) – April 2019

Liebe Nutzer,

wie viele von Ihnen sicherlich wissen bieten wir zusammen mit unseren hessischen Kollegen im jährlichen Wechsel einen Kurs zur Parallelisierung mit MPI und OpenMP an. Dieser Kurs ist für Studierende und Mitarbeiter akademischer Einrichtungen kostenfrei. Teilnahmewünsche aus Rheinland Pfalz werden, zusammen mit denjenigen aus Hessen, bevorzugt berücksichtigt.

Der Kurs wird gehalten von Rolf Rabenseifner (HLRS). Nähere Informationen zum Kurs und zur Anmeldung gibt es auf der Seite unserer hessischen Kollegen. Bei etwaigen Fragen stehen diese unter frankfurt@hpc-hessen.de zur Seite.

Ihr HPC-Team

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