Aktuelles

Halbzeit beim Cluster-Aufbau für das Nationale Hochleistungsrechnen (NHR)

Mit Aufnahme des NHR Süd-West in das Nationale Hochleistungsrechnen starteten auch die Vorbereitungen für den Aufbau des neuen Clusters an der Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU). Die Arbeitsgruppe für Hochleistungsrechnen (HPC) am Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) befasste sich in den letzten Monaten intensiv mit der Konzeption und Planung, bestellte die benötigte Hardware und ließ Teile des zentralen Serverraums für den Cluster umbauen.

Vorbereitung ist alles

Die zukünftige Kühlung des Clusters stand zunächst im Mittelpunkt der Baumaßnahmen. Die vorhandene Verrohrung im Doppelboden musste erweitert werden, damit die geplante Direktwasserkühlung (Direct Liquid Cooling) zukünftig die Abwärme der Rechenknoten abführen kann. Sidecooler, die zwischen den Serverschränken stehen, leiten mittels Luftzirkulation die Wärme der restlichen Hardware ab. Die Serverschränke und sidecooler wurden bereits Anfang August geliefert und vor Ort von den Kollegen aufgebaut.

 

Ebenfalls montiert und einsatzbereit sind die Stromleisten, die die Stromversorgung der Hardware in den Serverschränken übernehmen. Des Weiteren müssen für den bevorstehenden Einsatz des Clusters die verschiedenen Netzwerke vorbereitet werden. Erste Grundlagen konnten die HPC-Mitarbeiter mit Hilfe der Netzwerkgruppe des ZDV legen, indem sie die Switches des Management-Netzwerks und erste Teile des HDR-Infiniband-Netzwerkes installierten. Der Einsatz von HDR- Infiniband, ein spezieller Netzwerkschnittstellenstandard, bietet vor allem eine sehr hohe Übertragungsrate.

Ausblick

Bis Ende des Jahres stehen weitere Hardware-Lieferungen an: Komponenten für die Direktwasserkühlung und die Rechenknoten selbst. Sobald das Cluster betriebsbereit ist, steht es deutschlandweit über den NHR-Südwest der Forschung zur Verfügung stehen. Inhaltliche Schwerpunkte in Mainz sind: Hochenergiephysik, Physik der kondensierten Materie und Life Science.

Über den NHR Süd-West

Der NHR Süd-West ist ein länderübergreifendes Konsortium, zu dem neben der JGU auch die Technische Universität Kaiserslautern, die Goethe Universität Frankfurt und die Universität des Saarlandes gehört. Ziel ist es, gegenseitig von der Methodenkompetenz und der im Aufbau befindlichen Rechenkapazität zu profitieren.

Forschende der vier Hochschulen von NHR Süd-West können sich innerhalb des Verbundes stärker mit anderen Hochleistungsrechenzentren vernetzen und ihre fachlichen und methodischen Kompetenzen im Hochleistungsrechenbereich zielgerichtet und koordiniert weiterentwickeln. So können die Vorteile von Hochleistungsrechnern für Forschung und Wissenschaft nachhaltig nutzbar gemacht werden.

Die gemeinsame Wissenschaftskonferenz von Bund und Ländern hatte im Oktober 2021 die Aufnahme der JGU in den Verbund des Nationalen Hochleistungsrechnens beschlossen.

Nationales Hochleistungsrechnen (NHR) an der Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU) gestartet

Die JGU ist Teil des länderübergreifenden Konsortiums des NHR Süd-West. Zu dem neben Mainz auch die Technische Universität Kaiserslautern, die Goethe Universität Frankfurt und die Universität des Saarlandes gehören. Ziel sei es, gegenseitig von der Methodenkompetenz und der im Aufbau befindlichen Rechenkapazität zu profitieren.

Mit der Aufnahme vom NHR Süd-West Ende letzten Jahres in das Nationale Hochleistungsrechnen wurde ein wichtiges Ziel der Strategie für das digitale Leben der rheinland-pfälzischen Landesregierung erreicht. Forschende der vier Hochschulen können sich innerhalb des Verbundes stärker mit anderen Hochleistungsrechenzentren vernetzen und ihre fachlichen und methodischen Kompetenzen im Hochleistungsrechenbereich zielgerichtet und koordiniert weiterentwickeln. So können die Vorteile von Hochleistungsrechnern für Forschung und Wissenschaft nachhaltig nutzbar gemacht werden.

"Die Aufnahme von NHR Süd-West in das Nationale Hochleistungsrechnen ist ein großer Erfolg. Sie würdigt die vorhandene Expertise an den vier beteiligten Hochschulen im Bereich Hochleistungsrechnen und ermöglicht, diese fachlichen und methodischen Kompetenzen durch eine enge Zusammenarbeit im nationalen Verbund weiter auszubauen. Für NHR Süd-West ist die Förderung ein wichtiger Schub im weiteren Ausbau der technischen Rechenleistung und der fachlichen Kompetenzen", freute sich der rheinland-pfälzische Wissenschaftsminister, Clemens Hoch, über die gemeinsame Entscheidung von Bund und Ländern.

NHR Süd-West hat ein Gesamtvolumen von rund 124 Millionen Euro über die Gesamtförderperiode von zehn Jahren, wovon 40 Millionen Euro aus der Förderung des Nationalen Hochleistungsrechnen kommen. Die gemeinsame Wissenschaftskonferenz von Bund und Ländern hatte im Oktober 2021 die Aufnahme in den Verbund des Nationalen Hochleistungsrechnens beschlossen.

Über den Verbund des Nationalen Hochleistungsrechnens (NHR)
Die Gemeinsame Wissenschaftskonferenz (GWK) hat sich im November 2018 – um der zunehmenden Bedeutung und der steigenden Nachfrage nach Hochleistungsrechnern gerecht zu werden – auf die gemeinsame Förderung eines koordinierten Verbundes des Nationalen Hochleistungsrechnens (NHR) durch Bund und Länder verständigt.

Ein Schwerpunkt im NHR-Verbund soll neben der Bereitstellung von Rechenkapazitäten die Stärkung der Methodenkompetenz durch koordinierte Aus- und Weiterbildung der Nutzerinnen und Nutzer sowie insbesondere des wissenschaftlichen Nachwuchses sein.
Standorte: Aachen, Berlin, Darmstadt, Dresden, Erlangen-Nürnberg, Göttingen, Karlsruhe, Paderborn, Mainz, Kaiserslautern, Frankfurt und Saarbrücken

Website: https://www.nhr-gs.de/

Neue wissenschaftliche Hilfskräfte gesucht

Die High Performance Computing Gruppe des Zentrums für Datenverarbeitung sucht zum nächstmöglichen Zeitpunkt zwei wissenschaftliche Hilfskräfte mit einer Wochenarbeitszeit von je 8 Stunden zur technischen Unterstützung im Betrieb der Hochleistungsrechner MOGON.

Voraussetzungen:

  • Grundlegendes Verständnis von Computersystemen und deren Hardware
  • Erfahrungen und sicherer Umgang mit dem Ein- und Ausbau von
    Hardwarekomponenten – auch bei Racks
  • Ausgeprägtes handwerkliches Geschick
  • Eigenständige, ergebnisorientierte, gründliche Arbeitsweise
  • Grundkenntnisse im Umgang mit Linux wünschenswert aber nicht zwingend erforderlich

Aufgaben:

  • Unterstützung beim Rückbau von MOGON I
  • Austausch und Reparatur von Hardware
  • Dokumentation und Archivierung
  • Inventarisierung von Hardwarekomponente

Bei Fragen wenden Sie sich bitte an: hpc@uni-mainz.de
High Performance Computing

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Mogon II unterstützt BigBlueButton übergangsweise

Für die Bereitstellung des Dienstes BigBlueButton (BBB), der allen Schulen und Hochschulen/Universitäten des Landes Rheinland-Pfalz zur Verfügung steht, nutzte das ZDV zeitweise bis zu 500 Knoten von Mogon II. Vor allem die geschlossenen Schulen, die aufgrund der Pandemie auf Videokonferenzen für den Fernunterricht setzen, profitieren von den zusätzlichen Ressourcen. Die temporär bereit gestellte Rechenleistung für BBB wird zukünftig durch neue Hardware-Anschaffungen dem wissenschaftlichen Rechnen wieder zugeführt.

In Zusammenarbeit mit dem Ministerium für Wissenschaft, Weiterbildung und Kultur (MWWK) sowie dem Bildungsministerium des Landes Rheinland-Pfalz bietet das ZDV das Open-Source-Webkonferenzsystem BigBlueButton allen rheinland-pfälzischen Universitäten/Hochschulen und Schulen an.

 

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Durch Simulationen am Supercomputer MOGON II mögliche Wirkstoffe gegen Coronavirus gefunden

Hepatitis-C-Medikamente könnten auch gegen Covid-19 helfen / Weltgesundheitsorganisation veröffentlicht Forschungsergebnisse der JGU

Mehrere bereits gegen die Viruserkrankung Hepatitis C verwendete Medikamente können möglicherweise auch gegen die durch das Coronavirus SARS-CoV-2 verursachte Krankheit Covid-19 helfen. Zu diesem Ergebnis sind Wissenschaftler der Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU) durch aufwendige Berechnungen mit dem Supercomputer MOGON II gekommen, der von der JGU und dem Helmholtz-Institut Mainz (HIM) betrieben wird und zu den leistungsfähigsten Computern weltweit zählt.

Wie die Forscher in einer kürzlich auf der Website der Weltgesundheitsorganisation (WHO) veröffentlichten Studie beschreiben, hatten sie simuliert, wie rund 42.000 in öffentlichen Datenbanken aufgeführte Substanzen an bestimmte Proteine von SARS-CoV-2 binden und dadurch das Eindringen des Virus in den menschlichen Körper oder dessen Vermehrung hemmen.

"Dieses als molekulares Docking bezeichnete und seit Jahren anerkannte Verfahren von Computersimulationen ist wesentlich schneller und kostengünstiger als Laborexperimente", erklärt Prof. Dr. Thomas Efferth vom Institut für Pharmazeutische und Biomedizinische Wissenschaften der JGU, der die Studie geleitet hat. "Unseres Wissens sind wir die Ersten, die molekulares Docking im Zusammenhang mit SARS-CoV-2 angewendet haben. Und dass wir dadurch auf mehrere zugelassene Hepatitis-C-Medikamente als besonders erfolgversprechende Kandidaten gestoßen sind, ist sensationell."

Wie die Wissenschaftler anhand von 30 Milliarden einzelner Berechnungen in zwei Monaten herausgefunden haben, binden Substanzen aus den vier Hepatitis-C-Medikamenten Simeprevir, Paritaprevir, Grazoprevir und Velpatasvir mit hoher Wahrscheinlichkeit sehr stark an SARS-CoV-2 und können dadurch möglicherweise Ansteckungen damit verhindern. "Dafür spricht auch, dass es sich bei SARS-CoV-2 genau wie beim Hepatitis-C-Virus um ein sogenanntes einzelsträngiges RNA-Virus handelt, also um ein Virus desselben Typs", so Efferth. Möglicherweise sehr stark gegen SARS-CoV-2 wirkt nach den Ergebnissen der Forscher auch ein in Asien bereits gegen verschiedene andere Erkrankungen verwendeter Naturstoff aus dem Japanischen Geißblatt (Lonicera japonica). "Unsere Ergebnisse müssen nun durch Laborexperimente und klinische Studien überprüft werden", betont Efferth. Schon bei der Suche nach Wirkstoffen gegen die Coronaviren MERS-CoV und SARS-CoV sei molekulares Docking erfolgreich eingesetzt worden.

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Support-Chat

Liebe Nutzer,

wir wollen es Ihnen leichter machen schneller Antworten auf Ihre Fragen zu erhalten und haben dafür neben unserer Ticket-Hotline einen Mattermost-Kanal eingerichtet. Während die Intention einen direkteren Kontakt anbieten zu können überwiegt hoffen wir auch, dass damit vielleicht auch eine Interaktion von Nutzern verschiedenster Fachrichtungen angeregt wird.

Projektanträge, Installationswünsche und größere Probleme melden Sie bitte weiterhin per Mail an unsere Ticket-Hotline

Wenn Sie sich unsicher sind, ob es ein großes Problem ist, ob ein Installationsanfrage überhaupt Sinn macht oder einfach kurz eine Frage los werden wollen versuchen Sie unseren Support-Chat.

Ihr HPC-Team

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Hiwi gesucht …


Die High Performance Computing Gruppe des Zentrums für Datenverarbeitung sucht zum nächstmöglichen Zeitpunkt eine wissenschaftliche Hilfskraft mit einer Wochenarbeitszeit von 5 Stunden zur Ausarbeitung, Gestaltung und Erstellung des Außenauftritts.

Voraussetzungen:
  • Interesse an der Mitgestaltung des „Corporate Design“ der HPC-Gruppe
  • Erfahrungen und sicherer Umgang mit Adobe- InDesign, Illustrator und
    Photoshop und Co.
  • Kreativität, Ideenreichtum und Eigeninitiative.
  • Eigenständige, ergebnisorientierte, gründliche Arbeitsweise
Aufgaben:
  • Erstellung von Vorlagen für Flyer, Poster und Werbemitteln unter
    Beachtung des Corporate Designs der JGU
  • Gestaltung von Grafiken und Logos
  • Erstellen einer Farbpalette für Drucke
  • Dokumentation und Archivierung

Kontakt:

Haben Sie Lust bekommen, bei uns mitzuarbeiten? Dann schicken Sie bitte Ihre Bewerbung an:

hpc@uni-mainz.de

Kurs: Parallelisierung mit MPI und OpenMP, Frühling 2020

Veranstaltungsort

Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) der Johannes Gutenberg-Universität Mainz, Anselm-Franz-von-Bentzel-Weg 12, 55128 Mainz, Raum N33 (wird im Gebäude ausgeschildert)

Termin

2018, Montag, 30. März - 2. April; jeweils 9:00 Uhr bis 18:00 Uhr

Beschreibung

Inhalt des Kurses sind die Programmiermodelle MPI und OpenMP. Bei praktischen Übungen (in C und Fortran) können die Teilnehmer die Basis-Konstrukte des Message Passing Interfaces (MPI) und die Shared-Memory Direktiven von OpenMP direkt ausprobieren und testen. Dieser Kurs wird von der Johannes-Gutenberg-Universität Mainz in Zusammenarbeit mit dem HLRS organisiert. Etwa 70% der Kursinhalte richten sich an Programmier-Beginner und etwa 20% an Fortgeschrittene.

Agenda

Die Agenda finden Sie hier.

Sprache

Englisch

Dozent

Dr. Rolf Rabenseifner vom HLRS

Registrierung

Online-Registrierung hier.

Gebühren

Angehörige deutscher Universitäten oder anderer öffentlicher Forschungseinrichtungen: keine.
Andere: 780 EUR.
(Enthält Essen und Trinken während der Kaffeepausen. Gebühren müssen am ersten Tag in Bar bezahlt werden.)

Voraussetzungen

Shellkenntnisse und C oder Fortran

Social Events

An einem Abend planen wir eine Stadtführung (kostenfrei) und ein gemeinsames Essen, wobei jeder seine eigenen Kosten trägt. Wir freuen uns auf einen netten Abend.

Lokale Organisatoren

Christian Meesters, phone 06131 - 39 - 26397, Email: hpc-courses[at]uni-mainz.de (Zentrum fuer Datenverarbeitung, HPC-Gruppe)

Stornierung

Bitte teilen Sie Stornierungen den Organisatoren so schnell wie möglich via Email mit, damit andere Teilnehmer nachrücken können. Es werden keine Stornierungsgebühren erhoben.
Person die nicht erscheinen und sich nicht abmelden werden für ein Jahr bei allen unserer Kurse gesperrt.

Materialien

Jeder Teilnehmer erhält eine Kopie aller Kursfolien.
Der MPI-1 Teil des Kurses basiert auf einem Kurs des EPCC Education and Training Centre, Edinburgh Parallel Computing Centre.
Käuflich sind Kopien des MPI-3.1 Standards (Hardcover, 17 Euro) und von OpenMP (etwa 14 Euro).

Weitere Kurse

http://www.hlrs.de/training/course-list (Externer Link)

Kontakt

Rolf Rabenseifner, Telefon: 0711 685 65530, Email: rabenseifner[at]hlrs.de
Christian Meesters, phone 06131 - 39 - 26397, Email: meesters[at]uni-mainz.de (Zentrum fuer Datenverarbeitung)

Call for proposals for HPC compute resources 2019

The AHRP offers access to HPC resources operated at the Johannes Gutenberg University Mainz to scientist of German universities or research institutions located in Germany. The projects may apply multi-million core-hours. Up to 20% of the compute resources available in MOGON II will be available for this call.

Important Dates

Opening Date 05 December 2019
Application Deadline
07 January 2020, 18:00 CET
21 January 2020, 18:00 CET
Reviews of proposals January 2020
until 16 February 2020
Announcement of decision End of January 2020
17 February 2020
Allocation period for awarded proposals February 2020 until January 2021
March 2020 until February 2021

Available resources

MOGON II offers 836 compute nodes, each with 20 cores (2x Intel 2630v4) and 1.136 compute nodes, each with 32 cores (2x Intel 6130 Gold) with memory between 64GB and 1.5TB connected with 100Gbps Omni-Path. Each node offers local SSD storage of 150GB or 350GB.
Additionally, 29 GPU nodes with 6 GTX 1080Ti are available.
Parallel file system with 2PB project space and 1PB scratch space is available.

Application process

Project sizes are
1) < 1.2 mio. core hours (Project Class M, 100 NE per month)
2) < 6.0 mio. core hours (Project Class L, 500 NE per month)
3) > 6.0 mio. core hours (Project Class XL, >500 NE per month)
(1NE = 1000 core hours)

Large projects (L / XL) should provide a well defined work plan and ideally scaling curves in the proposal. The amount of project storage should be outlined as well. Additional information about I/O (bandwith,IOPS,access-pattern) is welcome.

If you have not used MOGON II yet we recommend that you apply for a test project at first. You will get quick access to the cluster and will be able to test you code and perform scaling tests that are recommended for an application for bigger projects.

Approved DFG-proposals maybe attached to your proposal.

Please submit your proposal for MOGON II via AHRP-Antrag. 

The steering committee will approve or reject projects according to the results of a technical review at the JGU and a scientific peer review.

Obligations

Please acknowledge the ressources and the support provided by the JGU Mainz, i.e.

The authors gratefully acknowledge the computing time granted on the supercomputer Mogon II at Johannes Gutenberg University Mainz (hpc.uni-mainz.de).

Within 3 months after the end of a project a final report should be submitted. The final reports will be published on berichte.ahrp.info every two years by the AHRP.

The rules of the AHRP apply

Contact

If you have any questions regarding the application you may reach us at hpc@uni-mainz.de.

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Vortrag: Towards a unified theory of variant calling

Liebe Nutzer,

wir freuen uns am 18. Dezember Johannes Köster (Universitätsklinikum Essen) zu Gast zu haben. Er wird einen Vortrag zum Thema

Towards a unified theory of variant calling

halten. Der Abstract:

The field of variant calling could so far be splitted into small vs. structural and germline vs. somatic, with many specialized algorithms, but no unified solution. We present a novel statistical model that handles all above scenarios in a unified way.

Moreover, the model reaches beyond such standard questions, by allowing to describe and assess arbitrary calling scenarios via boolean logic formulas over allele frequency ranges in arbitrary numbers of samples. Thereby, it not only unifies across all variant size ranges, but also integrates traditional post-hoc filtering steps
into a single statistical assessment. In turn, this enables, for the first time, true bayesian false discovery rate control for variant calling.

Johannes Köster wird am 18. Dezember um 13:30 im Besprechungsraum 3 des ZDV sprechen.

Fragen und Anregungen richten Sie bitte an hpc-colloqium@uni-mainz.de

Ihre HPC Gruppe