Aktuelles

Einführung in die Programmierung mit Python (SoSe 2018)

Liebe Nutzer,

über die Dauer des SoSe bieten wir den Kurs zur Programmierung mit Python an. Nähere Informationen und die Möglichkeit zur Ameldung finden Sie hier.

Der Kurs richtet sich an Programmieranfänger und ist offen für Höhrer aller Fachbereiche, Studierende aller Semester und Mitarbeiter.

Wir behandeln die Grundlagen von Python im Kontext wissenschaftlichen Programmierens, inkl. einiger "Ausflüge auf Mogon".

Ihr HPC Team

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Kurs verschoben: Bash-Intro vom 14. März zum 21. März

Liebe Nutzer,

der Titel sagt schon alles: Wir sahen uns gezwungen die Einführung in das Skripting mit bash zu verschieben. Der Kurs wird nun am 21. März stattfinden. Nähere Infos und die Möglichkeit der Anmeldung finden sich hier.

Ihr HPC Team

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Kurs: Parallelisierung mit MPI und OpenMP

Veranstaltungsort

Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) der Johannes Gutenberg-Universität Mainz, Anselm-Franz-von-Bentzel-Weg 12, 55128 Mainz, Raum N33 (wird im Gebäude ausgeschildert)

Termin

2018, Montag 9. April 9:00 Uhr - Donnerstag, 12. April 16:30 Uhr

Beschreibung

Inhalt des Kurses sind die Programmiermodelle MPI und OpenMP. Bei praktischen Übungen (in C und Fortran) können die Teilnehmer die Basis-Konstrukte des Message Passing Interfaces (MPI) und die Shared-Memory Direktiven von OpenMP direkt ausprobieren und testen. Dieser Kurs wird von der Johannes-Gutenberg-Universität Mainz in Zusammenarbeit mit dem HLRS organisiert. Etwa 70% der Kursinhalte richten sich an Programmier-Beginner und etwa 20% an Fortgeschrittene.

Agenda

Die Agenda finden Sie hier.

Sprache

Englisch

Dozent

Dr. Rolf Rabenseifner vom HLRS

Registrierung

Online-Registrierung hier.

Gebühren

Angehörige deutscher Universitäten oder anderer öffentlicher Forschungseinrichtungen: keine.
Andere: 780 EUR.
(Enthält Essen und Trinken während der Kaffeepausen. Gebühren müssen am ersten Tag in Bar bezahlt werden.)

Voraussetzungen

Shellkenntnisse und C oder Fortran

Social Events

Am ersten Abend planen wir ein gemeinsames Essen, wobei jeder seine eigenen Kosten trägt. Wir freuen uns auf einen netten Abend.

Lokale Organisatoren

Christian Meesters, phone 06131 - 39 - 26397, Email: hpc-courses[at]uni-mainz.de (Zentrum fuer Datenverarbeitung, HPC-Gruppe)

Stornierung

Bitte teilen Sie Stornierungen den Organisatoren so schnell wie möglich via Email mit, damit andere Teilnehmer nachrücken können. Es werden keine Stornierungsgebühren erhoben.
Person die nicht erscheinen und sich nicht abmelden werden für ein Jahr bei allen unserer Kurse gesperrt.

Materialien

Jeder Teilnehmer erhält eine Kopie aller Kursfolien.
Der MPI-1 Teil des Kurses basiert auf einem Kurs des EPCC Education and Training Centre, Edinburgh Parallel Computing Centre.
Käuflich sind Kopien des MPI-3.1 Standards (Hardcover, 17 Euro) und von OpenMP (etwa 14 Euro).

Weitere Kurse

http://www.hlrs.de/training/course-list (Externer Link)

Kontakt

Rolf Rabenseifner, Telefon: 0711 685 65530, Email: rabenseifner[at]hlrs.de
Christian Meesters, phone 06131 - 39 - 26397, Email: meesters[at]uni-mainz.de (Zentrum fuer Datenverarbeitung)

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Bachelorarbeiten in der HPC-Gruppe (Bereich Bioinformatik)

Liebe Nutzer,

wir schreiben z. Zt. 2 Bachelorarbeiten im Bereich (Bio-)Informatik oder Biologie aus

  • Implementierung eines NGS-Readmergingalgorithmus In einer bestehenden NGS-Prozessierungssoftware soll ein Algorithmus zum Readmerging implementiert werden. Der Algorithmus ist publiziert und getestet, Ziel der Arbeit ist das Feature zu einer anderen Software hinzuzufügen und zwar im HPC-Kontext, also stark optimiert. Vorausgesetzt werden Basiskenntnisse in Statistik, C und C++.
    Wir bieten eine Einführung in die NGS-Technologie, die Codebasis der Software, Unterstützung zur Programmierung in C++, sowie Parallelisierung mit OpenMP und Profilingtechniken. Eine Veröffentlichung wird angestrebt.
  • Übersichtsarbeit publizierter Bioinformatiksoftware Für Kandidaten mit allgemeinem Interesse an der Bioinformatik bieten wir an eine Übersichtsstatistik publizierter Bioinformatiksofware zu erstellen. Diese Übersicht dient zwei Zielen: 1. Ggf. eine evidenzbasierte Auswahl für unsere Nutzer zu bieten und 2. eine quantitative Schätzung der HPC-Eignung der publizierten Software zu gewinnen.  Insb. zu kategorisieren ist die Codequalität (Anhand etablierter Metriken und Eckpunkten wie Fehlertoleranz) und die Art der Parallelisierung bzw. die Skalierbarkeit (falls vorhanden). Zudem streben wir eine Nutzungsstatistik aktuell auf Mogon verwendeter Software, der erreichten Skalierung und Erhebung der potentiellen Parallelisierung durch Wrapper an.
    Wir bieten eine Einführung in statistisches Hypothesentesten, Hilfestellung im Skripting von Analysescripts, Codemetriken und Literaturrecherche in der Biologie / Bioinformatik. Ziel ist eine Veröffentlichung.

Bei Interesse erhalten Sie nähere Informationen unter hpc@uni-mainz.de .

Ihr HPC-Team

Mailingliste bioinfo-news

Liebe Nutzer,

Um HPC-mäßig auf dem aktuellen Stand zu bleiben oder unseren Tipps&Tricks-Ticker zu lesen, kann man auf unserer Homepage die RSS-feeds abonnieren. Der Ticker wird nach erfolgter Umstellung wieder häufiger "gefüttert".

Zusätzlich haben wir für alle Interessierten eine Bioinformatik-Mailingliste ins Leben gerufen. Wer mag kann sie abonnieren. Ziel der Liste ist

  • der Austausch und Hinweise zu Veranstaltungen rund um Bioinformatik und HPC
  • sowie die Vernetzung lokaler Nutzer.

Ziel ist nicht eine elektronische Diskussionsplattform zu schaffen - dafür gibt es bessere Werkzeuge. Und so rechnen wir mit einem geringen Mailaufkommen auf der Liste.

Ihr HPC-Team

Mogon 2 coming soon

Liebe HPC-Nutzer,

Das Hochleistungsrechnen ist eines der dynamischsten Bereiche in der ohnehin schnelllebigen IT-Welt. Nun wird die Technik in Kaiserslautern und Mainz erweitert. Mit dem Ziel, weiterhin Kapazitäten im Hochleistungsrechen nach dem Stand der Technik für die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Landes bereitzustellen.

Für Mogon II werden in Mainz 8,7 Millionen Euro investiert. Die Investition umfasst dabei ein neues Cluster sowie einen neuen Fileserver. Bereits mit der ersten Ausbaustufe des neuen Hochleistungsrechner Mogon II an der JGU ist Rheinland-Pfalz wieder in der Liga der 500 leistungsstärksten Rechner der Welt vertreten (Platz 265, November 2016). Besonders stolz ist man darauf, dass man im Vergleich mit den anderen Clustern identischer Prozessorarchitektur (Broadwell, Xeon E5-2630v4) das effizienteste System in der TOP500 betreibt und damit eine Platzierung in der Top100 in der GREEN500 erzielen konnte (Platz 70).

Die aktuelle Systemkonfiguration von Mogon II findet Sie hier.

Weitere Informationen werden in Kürze veröffentlcht.

Ihr HPC-Team

Vortrag: Fully reproducible and scalable data analysis with Snakemake and Bioconda

Liebe Nutzer,

wir freuen uns am 14. Februar 2017 Dr. Johannes Köster (Centrum Wiskunde & Informatica, Amsterdam und Harvard Medical School) zu Gast zu haben. Er wird um 14:00 Uhr einen Vortrag im Konferenzraum 3 a/b halten "Fully reproducible and scalable data analysis with Snakemake and Bioconda".

Wer sich vorab informieren möchte, kann dies zu snakemake hier tun.

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Mit freundlichen Grüßen,
Ihr HPC-Team