Bachelorarbeiten in der HPC-Gruppe (Bereich Bioinformatik)

Liebe Nutzer,

wir schreiben z. Zt. 2 Bachelorarbeiten im Bereich (Bio-)Informatik oder Biologie aus

  • Implementierung eines NGS-Readmergingalgorithmus In einer bestehenden NGS-Prozessierungssoftware soll ein Algorithmus zum Readmerging implementiert werden. Der Algorithmus ist publiziert und getestet, Ziel der Arbeit ist das Feature zu einer anderen Software hinzuzufügen und zwar im HPC-Kontext, also stark optimiert. Vorausgesetzt werden Basiskenntnisse in Statistik, C und C++.
    Wir bieten eine Einführung in die NGS-Technologie, die Codebasis der Software, Unterstützung zur Programmierung in C++, sowie Parallelisierung mit OpenMP und Profilingtechniken. Eine Veröffentlichung wird angestrebt.
  • Übersichtsarbeit publizierter Bioinformatiksoftware Für Kandidaten mit allgemeinem Interesse an der Bioinformatik bieten wir an eine Übersichtsstatistik publizierter Bioinformatiksofware zu erstellen. Diese Übersicht dient zwei Zielen: 1. Ggf. eine evidenzbasierte Auswahl für unsere Nutzer zu bieten und 2. eine quantitative Schätzung der HPC-Eignung der publizierten Software zu gewinnen.  Insb. zu kategorisieren ist die Codequalität (Anhand etablierter Metriken und Eckpunkten wie Fehlertoleranz) und die Art der Parallelisierung bzw. die Skalierbarkeit (falls vorhanden). Zudem streben wir eine Nutzungsstatistik aktuell auf Mogon verwendeter Software, der erreichten Skalierung und Erhebung der potentiellen Parallelisierung durch Wrapper an.
    Wir bieten eine Einführung in statistisches Hypothesentesten, Hilfestellung im Skripting von Analysescripts, Codemetriken und Literaturrecherche in der Biologie / Bioinformatik. Ziel ist eine Veröffentlichung.

Bei Interesse erhalten Sie nähere Informationen unter hpc@uni-mainz.de .

Ihr HPC-Team

Mailingliste bioinfo-news

Liebe Nutzer,

Um HPC-mäßig auf dem aktuellen Stand zu bleiben oder unseren Tipps&Tricks-Ticker zu lesen, kann man auf unserer Homepage die RSS-feeds abonnieren. Der Ticker wird nach erfolgter Umstellung wieder häufiger "gefüttert".

Zusätzlich haben wir für alle Interessierten eine Bioinformatik-Mailingliste ins Leben gerufen. Wer mag kann sie abonnieren. Ziel der Liste ist

  • der Austausch und Hinweise zu Veranstaltungen rund um Bioinformatik und HPC
  • sowie die Vernetzung lokaler Nutzer.

Ziel ist nicht eine elektronische Diskussionsplattform zu schaffen - dafür gibt es bessere Werkzeuge. Und so rechnen wir mit einem geringen Mailaufkommen auf der Liste.

Ihr HPC-Team

ABGESAGT: Vortrag „Deep Sequencing as Diagnostic Tool“ am 21. März

TERMIN ABGESAGT

Liebe Nutzer,

leider müssen wir den angekündigten Vortrag absagen.

Wir werden Sie baldmöglich über einen Ersatztermin informieren.

Mit freundlichen Grüßen,
Ihr HPC-Team


 

Liebe Nutzer,

wir freuen uns am 21. März 2017 Dr. Tilo Buschmann (Fraunhofer-Institut für Zelltherapie und Immunologie) zu Gast zu haben. Er wird um 14:00 Uhr einen Vortrag im Konferenzraum 3 a/b halten "Deep Sequencing as Diagnostic Tool at Fraunhofer IZI". Der Vortrag wird neben dem im Titel implizierten Deep Sequencing Workflow auch Aspekte des NGS-Barcode Design enthalten.

Im RIBOLUTION Biomarker Center des IZI werden neuartige Biomarker auf der Basis von Ribonukleinsäuren identifiziert und anhand ausgewählter Patientenkohorten bis zum klinischen »Proof-of-Concept« entwickelt. Zurzeit stehen Entwicklungsprogramme in den Bereichen Prostatakrebs, chronisch-obstruktive Lungenerkrankung (COPD) und Infektionserkrankungen im Mittelpunkt der Aktivitäten.

Wer sich vorab informieren möchte, kann dies zu den NGS-Projekten des IZI hier und zum Thema Barcodedesign hier tun.

Damit wir Sie über etwaige Änderungen informieren können haben Sie hier die Möglichkeit Ihre Mailadresse einzutragen.

Die Übertragung von Inhalten aus diesem Formular erfolgt über eine verschlüsselte Verbindung (SSL).

Bitte beachten Sie:

Ihre Mailadresse wird nur verwendet, um Sie über Änderungen bezügliches der Vortragszeit oder des Ortes hinzuweisen und Sie ggf. kurz vorher an den Vortrag zu erinnern.

CAPTCHA ImageBitte nebenstehenden Code hier eingeben. Vielen Dank!
[ Anderes Bild ]

Mit freundlichen Grüßen,
Ihr HPC-Team

Mogon 2 coming soon

Liebe HPC-Nutzer,

Das Hochleistungsrechnen ist eines der dynamischsten Bereiche in der ohnehin schnelllebigen IT-Welt. Nun wird die Technik in Kaiserslautern und Mainz erweitert. Mit dem Ziel, weiterhin Kapazitäten im Hochleistungsrechen nach dem Stand der Technik für die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Landes bereitzustellen.

Für Mogon II werden in Mainz 8,7 Millionen Euro investiert. Die Investition umfasst dabei ein neues Cluster sowie einen neuen Fileserver. Bereits mit der ersten Ausbaustufe des neuen Hochleistungsrechner Mogon II an der JGU ist Rheinland-Pfalz wieder in der Liga der 500 leistungsstärksten Rechner der Welt vertreten (Platz 265, November 2016). Besonders stolz ist man darauf, dass man im Vergleich mit den anderen Clustern identischer Prozessorarchitektur (Broadwell, Xeon E5-2630v4) das effizienteste System in der TOP500 betreibt und damit eine Platzierung in der Top100 in der GREEN500 erzielen konnte (Platz 70).

Die aktuelle Systemkonfiguration von Mogon II findet Sie hier.

Weitere Informationen werden in Kürze veröffentlcht.

Ihr HPC-Team

Vortrag: Fully reproducible and scalable data analysis with Snakemake and Bioconda

ACHTUNG! Der Shortcode [formulargenerator] darf NUR 1x auf der Seite enthalten sein. BITTE Shortcode KORRIGIEREN!

Liebe Nutzer,

wir freuen uns am 14. Februar 2017 Dr. Johannes Köster (Centrum Wiskunde & Informatica, Amsterdam und Harvard Medical School) zu Gast zu haben. Er wird um 14:00 Uhr einen Vortrag im Konferenzraum 3 a/b halten "Fully reproducible and scalable data analysis with Snakemake and Bioconda".

Wer sich vorab informieren möchte, kann dies zu snakemake hier tun.

Damit wir Sie über etwaige Änderungen informieren könne und um abzuschätzen, wie stark das Interesse sein wird, bitten wir Sie um einen Eintrag Ihrer Mailadresse.

Die Übertragung von Inhalten aus diesem Formular erfolgt über eine verschlüsselte Verbindung (SSL).

Bitte beachten Sie:

Ihre Mailadresse wird nur verwendet, um Sie über Änderungen bezügliches der Vortragszeit oder des Ortes hinzuweisen und Sie ggf. kurz vorher an den Vortrag zu erinnern.

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Mit freundlichen Grüßen,
Ihr HPC-Team

Kurs SIMD-Optimierung mittels Intel Vectorization Advisor

Liebe Nutzer des Mogon-Hochleistungsrechners,

Liebe Kollegen aus Rheinland-Pfalz und im Rhein-Main-Gebiet,

Die Firma Intel präsentiert Intel Parallel Studio 2017 im eintägigen Seminar. Der Kurs richtet sich an alle Code-Entwickler, die ihren Code für Intel Prozessor optimieren möchten.

Die eingeladenen Intel-Architekten/Ingenieure sind Experten für Intel-Vektorisierung. Sie bieten Übungen zur Vektorisierung eines Programcodes an, zeigen effiziente Nutzung von Intel(R) Kompiler (Optionen und Berichte) und Intel(R) Adviser (Vektoriserungs-möglichkeiten und -analyse).

Die Anzahl von Teilnehmern ist auf 29 begrenzt. Aus diesem Grund bieten wir Sie, falls Sie einen Platz zugesagt bekommen und am Kurs nicht teilnehmen können, informieren Sie uns bitte per Anmeldeformular, damit der Platz weiter vergeben werden kann.

Sie erhalten bei Anmeldung (s.u.) eine Bestätigung über die Anmeldung. Zusagen zum eigentlichen Kurs werden nach Sichtung der Anmeldungen zeitnah versendet.

Anmeldeschluss ist der 21. September 2016.

Dear users of the Mogon-cluster,

dear colleagues from Rhineland-Palatinate and Rhein-Main region

The company Intel® presents Intel Parallel Studio 2017 in one-day hands-on seminar in the data center university of Mainz.

The invited Intel Architects/Engineers are experts for Intel’s vectorization features. They provide a full day vectorization training showing efficient usage of Compilers (switches and reports) and Advisor (vectorization capabilities including the new one integrated in the 2017 release).

The number of the participants is restricted to 29. If you’ve got the confirmation of your participation and you cannot take part in the course, then please let us know using the same registration form.

Registration deadline 21 September 2016

Veranstaltungsort

Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) der Johannes Gutenberg-Universität Mainz, Anselm-Franz-von-Bentzel-Weg 12, 55128 Mainz

Termin

2016, Donnerstag 22. September - 10:00 - 17:00 Uhr

Raum

Kursraum 1

Beschreibung

SIMD-Optimisierung mittels Intel Vectorization Advisor

Sprache

Englisch

Dozent

Intel(R)

Registrierung

Sie können Sich unter diesem Link zum Kurs anmelden.

Voraussetzungen

C/C++, Fortran

Agenda

10:00-10:30 Intel Parallel Studio 2017 What's New
10:30-11:30 Unlock next-gen SIMD hardware performance secrets: AVX/AVX2 vectorization, OpenMP4.x, Compiler vectorization challenges
11:30-12:30 Labs: Vectorization Advisor and Intel Compiler optimizing customer fluid dynamics code
12:30-13:30 Lunch break (The lunch will not be organized; participants can go to the canteen or a local)
13:30-14:30 Labs: Vectorization Advisor and Intel Compiler optimizing customer fluid dynamics code
14:30-15:30 Additional overview of new SIMD Xeon Phi/AVX-512-specific analysis including new precise FLOPs-and-Mask utilization profiler
15:30-16:30 Automated cache-aware Roofline preview feature
16:30-17:00 Q&A session

MPI + OpenMP-Kurs in Frankfurt (Main) – März 2017

Liebe Nutzer,

wieder gibt es einen MPI und OpenMP-Kurs. Dieses mal in Frankfurt (Main) vom 13. bis 15. März 2017.

Mehr Infos zum Kurs gibt es hier, da er in Hessen stattfindet, bitten wir zu beachten, dass hessische Nutzer in der Anmeldung vorgezogen werden.

Mehr Infos zu weiteren Veranstaltungen unserer Frankfurter Kollegen gibt es auf deren Webseite.

Ihr HPC-Team

NVidia OpenACC Kurs

Liebe Nutzer des Mogon-Hochleistungsrechners,

Liebe Kollegen aus Rheinland-Pfalz und im Rhein-Main-Gebiet,

wir freuen uns Ihnen einen OpenACC Kurs anbieten zu können. Die Firma NVIDIA, Mitentwickler von OpenACC, präsentieren Semi-Automatische Parallelisierung mit OpenACC in einem zweitägigen Kompaktkurs. Der Kurs richtet sich an alle Code-Entwickler, die ihren Code parallelisieren möchten.

OpenACC ist ähnlich zu OpenMP.  Bei der Nutzung dieser Interfaces werden pragmas verwendet,mit denen der Code annotiert wird, und damit eine Parallelisierung der Ausführung erreicht. OpenACC ermöglicht die Parallelisierung für CPU und GPU.

Sie erhalten bei Anmeldung (s.u.) eine Bestätigung über die Anmeldung. Zusagen zum eigentlichen Kurs werden nach Sichtung der Anmeldungen zeitnah versendet.

Anmeldeschluss ist der 29. August.

Ihr HPC-Team

 

Veranstaltungsort

Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) der Johannes Gutenberg-Universität Mainz, Anselm-Franz-von-Bentzel-Weg 12, 55128 Mainz

Termin

2016, Montag 5. September - Dienstag 6. September - 9:00 - 17:00 Uhr

Raum

Kursraum N33

Beschreibung

Semi-Automatische Parallelisierung mit OpenACC

Sprache

Englisch

Dozent

N.N. - NVIDIA GmbH

Registrierung

Sie können Sich unter diesem Link zum Kurs anmelden.

Voraussetzungen

C/C++ oder Fortran

Abgesagt: Tool Day zur Performanceanalyse mit Vtune

Liebe HPC Nutzer,

mangels Nachfrage haben wir den Tool Day zur Performance Analyse abgesagt. Er wurde nicht nur auf unserer Webseite, sondern auch während des Kurses zur Parallelisierung mit MPI und OpenMP angekündigt.

Es ist unser Bestreben "Tool Days" anzubieten, die nützlich für Ihre tägliche Arbeit sein können. In diesem Sinne werten wir die Nachfrage nach dem Tag zur R-Programmierung als Erfolg und hoffen bald weitere Veranstaltungen anbieten zu können. Bitte haben Sie Verständnis dafür, daß gut geplante Veranstaltungen auch "Vorlaufzeit" benötigen.

Ihr HPC-Team

Publiziert am: 9. Mai 2016. Abgelegt unter Aktuelles