Aktuelles

Kursankündigung: Source Code Management mit dem ZDV gitlab Service – 31. Januar 2019

Liebe Nutzer,

Unsere Kollegen der UNIX-Gruppe werden am 31. Januar nächsten Jahres einen Überblick über das "Versionskontrollwerkzeug" git geben.

Die wichtigsten Kommandos werden gezeigt, wobei der ZDV-eigene Service gitlab.rlp.net verwendet werden wird.

Der Kurs ziel auf Einsteiger in das Quellcodemanagement (oder Source Code Management, kurz SCM). Wir planen einen weiterführenden Kurs anzubieten.

Was ist SCM und worin liegt der Mehrwert?

  • SCM erlaubt an Quelltexten kollaborativ zu arbeiten
  • es erlaubt verschiedene Versionen gleichzeitig zu bearbeiten
  • man kann "das Rad zurückdrehen", bzw. einen alten, funktionierenden Zustand wieder herstellen

Einen guten Überblick bietet dieser Link (EN) oder jener (DE).

Hier kann man sich anmelden.

Ihr HPC Team

Einführungskursetermine: Shell und HPC für 2019

Liebe Nutzer,

die neuen Kurstermine stehen fest. Die Anmeldung, wie stets, via Ilias.

Unsere Bitte an Projekt- und Gruppenleiter: Machen Sie Ihre Mitglieder aufmerksam auf unsere Kurse. Sie dürfen sich auch selber anmelden.

Ihr HPC Team

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Neue Kurse

Liebe Nutzer,

die neuen Kurstermine stehen fest. Die Anmeldung, wie stets, via Ilias.

Unsere Bitte an Projekt- und Gruppenleiter: Machen Sie Ihre Mitglieder aufmerksam auf unsere Kurse. Sie dürfen sich auch selber anmelden.

Insbesondere weisen wir Sie auf ein neues Format (Workshops) in zwei neuen Kursen hin:

  • ein Workshop zu GNU parallel - wir werden die Parallelisierung von nicht parallelisierten Programmen (oder Programmen, die lediglich Parallelisierung durch threads aufweisen) im Kontext unseres Batch-Systems besprechen und einige Beispiele gemeinsam durchgehen.
  • ein Workshop zu Cython, dem statischen Compiler für Python: Da viele Nutzer gerne schnelle Analysescripte in Python schreiben, die leider nicht schnell in der Ausführung sind, bieten wir einen Workshop zur Compilierung von Pythonmodulen und der Submittierung derselben im Job-Kontext anbieten.

Ihr HPC Team

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Einführungskursturnus

Liebe Nutzer,

wie schon in einer Rundmail angekündigt werden die Einführungskurse nunmehr in einem dreimonatigem Turnus stattfinden. Einer Einführung in die Nutzung von HPC-Systemen (auch "Mogon-Intro") wird stets eine Einführungs in das Shellscripting (bash) vorausgehen. Bitte beachten Sie: Das Shellscripting zielt auf Teilnehmer, die auch die Nutzung unserer HPC-Systeme beabsichtigen.

Wir werden unsere Einführungen regelmäßig überarbeiten und bitten alle Gruppenleiter ihre Mitglieder, die unsere Systemen nutzen sollen, auf diese Veranstaltungen aufmerksam zu machen. Bitte verlassen Sie sich nicht auf die Gültigkeit alter Kursunterlagen.

Näherer Informationen zur Anmeldung finden Sie hier.

Sollten die Kurse stark nachgefragt sein (angezeigt über volle Wartelisten), versuchen wir zusätzliche Kapazitäten zu schaffen.

Ihr HPC-Team

Einführung in die Programmierung mit Python (SoSe 2018)

Liebe Nutzer,

über die Dauer des SoSe bieten wir den Kurs zur Programmierung mit Python an. Nähere Informationen und die Möglichkeit zur Ameldung finden Sie hier.

Der Kurs richtet sich an Programmieranfänger und ist offen für Höhrer aller Fachbereiche, Studierende aller Semester und Mitarbeiter.

Wir behandeln die Grundlagen von Python im Kontext wissenschaftlichen Programmierens, inkl. einiger "Ausflüge auf Mogon".

Ihr HPC Team

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Kurs verschoben: Bash-Intro vom 14. März zum 21. März

Liebe Nutzer,

der Titel sagt schon alles: Wir sahen uns gezwungen die Einführung in das Skripting mit bash zu verschieben. Der Kurs wird nun am 21. März stattfinden. Nähere Infos und die Möglichkeit der Anmeldung finden sich hier.

Ihr HPC Team

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Kurs: Parallelisierung mit MPI und OpenMP

Veranstaltungsort

Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) der Johannes Gutenberg-Universität Mainz, Anselm-Franz-von-Bentzel-Weg 12, 55128 Mainz, Raum N33 (wird im Gebäude ausgeschildert)

Termin

2018, Montag 9. April 9:00 Uhr - Donnerstag, 12. April 16:30 Uhr

Beschreibung

Inhalt des Kurses sind die Programmiermodelle MPI und OpenMP. Bei praktischen Übungen (in C und Fortran) können die Teilnehmer die Basis-Konstrukte des Message Passing Interfaces (MPI) und die Shared-Memory Direktiven von OpenMP direkt ausprobieren und testen. Dieser Kurs wird von der Johannes-Gutenberg-Universität Mainz in Zusammenarbeit mit dem HLRS organisiert. Etwa 70% der Kursinhalte richten sich an Programmier-Beginner und etwa 20% an Fortgeschrittene.

Agenda

Die Agenda finden Sie hier.

Sprache

Englisch

Dozent

Dr. Rolf Rabenseifner vom HLRS

Registrierung

Online-Registrierung hier.

Gebühren

Angehörige deutscher Universitäten oder anderer öffentlicher Forschungseinrichtungen: keine.
Andere: 780 EUR.
(Enthält Essen und Trinken während der Kaffeepausen. Gebühren müssen am ersten Tag in Bar bezahlt werden.)

Voraussetzungen

Shellkenntnisse und C oder Fortran

Social Events

Am ersten Abend planen wir ein gemeinsames Essen, wobei jeder seine eigenen Kosten trägt. Wir freuen uns auf einen netten Abend.

Lokale Organisatoren

Christian Meesters, phone 06131 - 39 - 26397, Email: hpc-courses[at]uni-mainz.de (Zentrum fuer Datenverarbeitung, HPC-Gruppe)

Stornierung

Bitte teilen Sie Stornierungen den Organisatoren so schnell wie möglich via Email mit, damit andere Teilnehmer nachrücken können. Es werden keine Stornierungsgebühren erhoben.
Person die nicht erscheinen und sich nicht abmelden werden für ein Jahr bei allen unserer Kurse gesperrt.

Materialien

Jeder Teilnehmer erhält eine Kopie aller Kursfolien.
Der MPI-1 Teil des Kurses basiert auf einem Kurs des EPCC Education and Training Centre, Edinburgh Parallel Computing Centre.
Käuflich sind Kopien des MPI-3.1 Standards (Hardcover, 17 Euro) und von OpenMP (etwa 14 Euro).

Weitere Kurse

http://www.hlrs.de/training/course-list (Externer Link)

Kontakt

Rolf Rabenseifner, Telefon: 0711 685 65530, Email: rabenseifner[at]hlrs.de
Christian Meesters, phone 06131 - 39 - 26397, Email: meesters[at]uni-mainz.de (Zentrum fuer Datenverarbeitung)

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Bachelorarbeiten in der HPC-Gruppe (Bereich Bioinformatik)

Liebe Nutzer,

wir schreiben z. Zt. 2 Bachelorarbeiten im Bereich (Bio-)Informatik oder Biologie aus

  • Implementierung eines NGS-Readmergingalgorithmus In einer bestehenden NGS-Prozessierungssoftware soll ein Algorithmus zum Readmerging implementiert werden. Der Algorithmus ist publiziert und getestet, Ziel der Arbeit ist das Feature zu einer anderen Software hinzuzufügen und zwar im HPC-Kontext, also stark optimiert. Vorausgesetzt werden Basiskenntnisse in Statistik, C und C++.
    Wir bieten eine Einführung in die NGS-Technologie, die Codebasis der Software, Unterstützung zur Programmierung in C++, sowie Parallelisierung mit OpenMP und Profilingtechniken. Eine Veröffentlichung wird angestrebt.
  • Übersichtsarbeit publizierter Bioinformatiksoftware Für Kandidaten mit allgemeinem Interesse an der Bioinformatik bieten wir an eine Übersichtsstatistik publizierter Bioinformatiksofware zu erstellen. Diese Übersicht dient zwei Zielen: 1. Ggf. eine evidenzbasierte Auswahl für unsere Nutzer zu bieten und 2. eine quantitative Schätzung der HPC-Eignung der publizierten Software zu gewinnen.  Insb. zu kategorisieren ist die Codequalität (Anhand etablierter Metriken und Eckpunkten wie Fehlertoleranz) und die Art der Parallelisierung bzw. die Skalierbarkeit (falls vorhanden). Zudem streben wir eine Nutzungsstatistik aktuell auf Mogon verwendeter Software, der erreichten Skalierung und Erhebung der potentiellen Parallelisierung durch Wrapper an.
    Wir bieten eine Einführung in statistisches Hypothesentesten, Hilfestellung im Skripting von Analysescripts, Codemetriken und Literaturrecherche in der Biologie / Bioinformatik. Ziel ist eine Veröffentlichung.

Bei Interesse erhalten Sie nähere Informationen unter hpc@uni-mainz.de .

Ihr HPC-Team