Aktuelles

Vortrag: Fully reproducible and scalable data analysis with Snakemake and Bioconda

Liebe Nutzer,

wir freuen uns am 14. Februar 2017 Dr. Johannes Köster (Centrum Wiskunde & Informatica, Amsterdam und Harvard Medical School) zu Gast zu haben. Er wird um 14:00 Uhr einen Vortrag im Konferenzraum 3 a/b halten "Fully reproducible and scalable data analysis with Snakemake and Bioconda".

Wer sich vorab informieren möchte, kann dies zu snakemake hier tun.

Damit wir Sie über etwaige Änderungen informieren könne und um abzuschätzen, wie stark das Interesse sein wird, bitten wir Sie um einen Eintrag Ihrer Mailadresse.

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Bitte beachten Sie:

Ihre Mailadresse wird nur verwendet, um Sie über Änderungen bezügliches der Vortragszeit oder des Ortes hinzuweisen und Sie ggf. kurz vorher an den Vortrag zu erinnern.

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Mit freundlichen Grüßen,
Ihr HPC-Team

Kurs SIMD-Optimierung mittels Intel Vectorization Advisor

Liebe Nutzer des Mogon-Hochleistungsrechners,

Liebe Kollegen aus Rheinland-Pfalz und im Rhein-Main-Gebiet,

Die Firma Intel präsentiert Intel Parallel Studio 2017 im eintägigen Seminar. Der Kurs richtet sich an alle Code-Entwickler, die ihren Code für Intel Prozessor optimieren möchten.

Die eingeladenen Intel-Architekten/Ingenieure sind Experten für Intel-Vektorisierung. Sie bieten Übungen zur Vektorisierung eines Programcodes an, zeigen effiziente Nutzung von Intel(R) Kompiler (Optionen und Berichte) und Intel(R) Adviser (Vektoriserungs-möglichkeiten und -analyse).

Die Anzahl von Teilnehmern ist auf 29 begrenzt. Aus diesem Grund bieten wir Sie, falls Sie einen Platz zugesagt bekommen und am Kurs nicht teilnehmen können, informieren Sie uns bitte per Anmeldeformular, damit der Platz weiter vergeben werden kann.

Sie erhalten bei Anmeldung (s.u.) eine Bestätigung über die Anmeldung. Zusagen zum eigentlichen Kurs werden nach Sichtung der Anmeldungen zeitnah versendet.

Anmeldeschluss ist der 21. September 2016.

Dear users of the Mogon-cluster,

dear colleagues from Rhineland-Palatinate and Rhein-Main region

The company Intel® presents Intel Parallel Studio 2017 in one-day hands-on seminar in the data center university of Mainz.

The invited Intel Architects/Engineers are experts for Intel’s vectorization features. They provide a full day vectorization training showing efficient usage of Compilers (switches and reports) and Advisor (vectorization capabilities including the new one integrated in the 2017 release).

The number of the participants is restricted to 29. If you’ve got the confirmation of your participation and you cannot take part in the course, then please let us know using the same registration form.

Registration deadline 21 September 2016

Veranstaltungsort

Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) der Johannes Gutenberg-Universität Mainz, Anselm-Franz-von-Bentzel-Weg 12, 55128 Mainz

Termin

2016, Donnerstag 22. September - 10:00 - 17:00 Uhr

Raum

Kursraum 1

Beschreibung

SIMD-Optimisierung mittels Intel Vectorization Advisor

Sprache

Englisch

Dozent

Intel(R)

Registrierung

Sie können Sich unter diesem Link zum Kurs anmelden.

Voraussetzungen

C/C++, Fortran

Agenda

10:00-10:30 Intel Parallel Studio 2017 What's New
10:30-11:30 Unlock next-gen SIMD hardware performance secrets: AVX/AVX2 vectorization, OpenMP4.x, Compiler vectorization challenges
11:30-12:30 Labs: Vectorization Advisor and Intel Compiler optimizing customer fluid dynamics code
12:30-13:30 Lunch break (The lunch will not be organized; participants can go to the canteen or a local)
13:30-14:30 Labs: Vectorization Advisor and Intel Compiler optimizing customer fluid dynamics code
14:30-15:30 Additional overview of new SIMD Xeon Phi/AVX-512-specific analysis including new precise FLOPs-and-Mask utilization profiler
15:30-16:30 Automated cache-aware Roofline preview feature
16:30-17:00 Q&A session
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MPI + OpenMP-Kurs in Frankfurt (Main) – März 2017

Liebe Nutzer,

wieder gibt es einen MPI und OpenMP-Kurs. Dieses mal in Frankfurt (Main) vom 13. bis 15. März 2017.

Mehr Infos zum Kurs gibt es hier, da er in Hessen stattfindet, bitten wir zu beachten, dass hessische Nutzer in der Anmeldung vorgezogen werden.

Mehr Infos zu weiteren Veranstaltungen unserer Frankfurter Kollegen gibt es auf deren Webseite.

Ihr HPC-Team

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NVidia OpenACC Kurs

Liebe Nutzer des Mogon-Hochleistungsrechners,

Liebe Kollegen aus Rheinland-Pfalz und im Rhein-Main-Gebiet,

wir freuen uns Ihnen einen OpenACC Kurs anbieten zu können. Die Firma NVIDIA, Mitentwickler von OpenACC, präsentieren Semi-Automatische Parallelisierung mit OpenACC in einem zweitägigen Kompaktkurs. Der Kurs richtet sich an alle Code-Entwickler, die ihren Code parallelisieren möchten.

OpenACC ist ähnlich zu OpenMP.  Bei der Nutzung dieser Interfaces werden pragmas verwendet,mit denen der Code annotiert wird, und damit eine Parallelisierung der Ausführung erreicht. OpenACC ermöglicht die Parallelisierung für CPU und GPU.

Sie erhalten bei Anmeldung (s.u.) eine Bestätigung über die Anmeldung. Zusagen zum eigentlichen Kurs werden nach Sichtung der Anmeldungen zeitnah versendet.

Anmeldeschluss ist der 29. August.

Ihr HPC-Team

 

Veranstaltungsort

Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) der Johannes Gutenberg-Universität Mainz, Anselm-Franz-von-Bentzel-Weg 12, 55128 Mainz

Termin

2016, Montag 5. September - Dienstag 6. September - 9:00 - 17:00 Uhr

Raum

Kursraum N33

Beschreibung

Semi-Automatische Parallelisierung mit OpenACC

Sprache

Englisch

Dozent

N.N. - NVIDIA GmbH

Registrierung

Sie können Sich unter diesem Link zum Kurs anmelden.

Voraussetzungen

C/C++ oder Fortran

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Abgesagt: Tool Day zur Performanceanalyse mit Vtune

Liebe HPC Nutzer,

mangels Nachfrage haben wir den Tool Day zur Performance Analyse abgesagt. Er wurde nicht nur auf unserer Webseite, sondern auch während des Kurses zur Parallelisierung mit MPI und OpenMP angekündigt.

Es ist unser Bestreben "Tool Days" anzubieten, die nützlich für Ihre tägliche Arbeit sein können. In diesem Sinne werten wir die Nachfrage nach dem Tag zur R-Programmierung als Erfolg und hoffen bald weitere Veranstaltungen anbieten zu können. Bitte haben Sie Verständnis dafür, daß gut geplante Veranstaltungen auch "Vorlaufzeit" benötigen.

Ihr HPC-Team

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Neu: HPC „Tool Day“

Liebe Mogon-Nutzer,

wir haben uns schon vor einer Weile entschlossen sowohl die Werkzeuge, die spezifisch auf Mogon angeboten werden, als auch ganz allgemein Werkzeuge rund um das Themengebiet Programmierung & Effiziens zu präsentieren. Aber auch Workflow-Optimierung soll nicht zu kurz kommen.

Die Form dieser Präsentation soll sehr informell sein - Beispiele sollen das dominate Medium sein. Wir nennen das Format "Tools Day" und wie immer geschieht die Anmeldung über das Ilias E-Learning System.

Was liegt näher als im Anschluß an den Parallelisierungskurs rund um MPI und OpenMP den Einstieg mit einem Fehlersuchwerkzeug und einem Profiler zu machen? Wir haben uns zu Intels "Inspektor" und "Vtune" entschlossen. Näheres ist unter dem oben genannten Link zu finden.

Gerne nehmen wir auch Vorschläge zu Themen entgegen. Allerdings gibt es einen Wermutstropfen: Wie Sie wissen steht in diesem Jahr die Einführung von Mogon II an - d. h. unsere Zeit ist knapp und so wird wahrscheinlich die Frequenz dieser Veranstaltung zu Anfang nicht hoch sein.

Ihr HPC-Team

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R und Bioconductor

Liebe Nutzer,

wir freuen uns einen neuartigen Kurs anbieten zu können: Introduction to R and its application to genomics data analysis. (Anmeldung wie meist über das Ilias E-Learning System)

Federico Marini vom Institut für Medizinische Biometrie, Epidemiologie und Informatik (IMBEI) der Universität Mainz hat sich bereit erklärt diesen Kurs zu halten. Die Inhalte werden umfassen:

  • Einführung in R
  • Datenverarbeitung und Visualisierung
  • Datenanalyse von Genomdaten mit Bioconductor und R
  • Parallelisierung mit R (und Bioconductor)

Vielen Dank!

Bitte beachten Sie: Kurssprache ist Englisch.

Der Aspekt der Parallelisierung wird vom HPC-Team beigesteuert.

Ihr HPC-Team

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Neue Programmierkurse (C und Python)

Liebe Nutzer,

wir freuen uns vor dem angekündigten Parallelisierungskurs einen Kurs zur Programmierung in C anbieten zu können. Willkommen sind alle Interessenten, insb. von Gruppen auf Mogon, aber auch Studierende.

Darüber hinaus bieten wir in diesem Sommersemester einen Pythonkurs an. Siehe:

Vorlesung/Übung


Semester: SoSe 2016

Anmeldungen zum Pythonkurs können auch hier erfolgen.

Euer HPC-Team

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