Allgemein

Bachelorarbeiten in der HPC-Gruppe (Bereich Bioinformatik)

Liebe Nutzer,

wir schreiben z. Zt. 2 Bachelorarbeiten im Bereich (Bio-)Informatik oder Biologie aus

  • Implementierung eines NGS-Readmergingalgorithmus In einer bestehenden NGS-Prozessierungssoftware soll ein Algorithmus zum Readmerging implementiert werden. Der Algorithmus ist publiziert und getestet, Ziel der Arbeit ist das Feature zu einer anderen Software hinzuzufügen und zwar im HPC-Kontext, also stark optimiert. Vorausgesetzt werden Basiskenntnisse in Statistik, C und C++.
    Wir bieten eine Einführung in die NGS-Technologie, die Codebasis der Software, Unterstützung zur Programmierung in C++, sowie Parallelisierung mit OpenMP und Profilingtechniken. Eine Veröffentlichung wird angestrebt.
  • Übersichtsarbeit publizierter Bioinformatiksoftware Für Kandidaten mit allgemeinem Interesse an der Bioinformatik bieten wir an eine Übersichtsstatistik publizierter Bioinformatiksofware zu erstellen. Diese Übersicht dient zwei Zielen: 1. Ggf. eine evidenzbasierte Auswahl für unsere Nutzer zu bieten und 2. eine quantitative Schätzung der HPC-Eignung der publizierten Software zu gewinnen.  Insb. zu kategorisieren ist die Codequalität (Anhand etablierter Metriken und Eckpunkten wie Fehlertoleranz) und die Art der Parallelisierung bzw. die Skalierbarkeit (falls vorhanden). Zudem streben wir eine Nutzungsstatistik aktuell auf Mogon verwendeter Software, der erreichten Skalierung und Erhebung der potentiellen Parallelisierung durch Wrapper an.
    Wir bieten eine Einführung in statistisches Hypothesentesten, Hilfestellung im Skripting von Analysescripts, Codemetriken und Literaturrecherche in der Biologie / Bioinformatik. Ziel ist eine Veröffentlichung.

Bei Interesse erhalten Sie nähere Informationen unter hpc@uni-mainz.de .

Ihr HPC-Team

Mailingliste bioinfo-news

Liebe Nutzer,

Um HPC-mäßig auf dem aktuellen Stand zu bleiben oder unseren Tipps&Tricks-Ticker zu lesen, kann man auf unserer Homepage die RSS-feeds abonnieren. Der Ticker wird nach erfolgter Umstellung wieder häufiger "gefüttert".

Zusätzlich haben wir für alle Interessierten eine Bioinformatik-Mailingliste ins Leben gerufen. Wer mag kann sie abonnieren. Ziel der Liste ist

  • der Austausch und Hinweise zu Veranstaltungen rund um Bioinformatik und HPC
  • sowie die Vernetzung lokaler Nutzer.

Ziel ist nicht eine elektronische Diskussionsplattform zu schaffen - dafür gibt es bessere Werkzeuge. Und so rechnen wir mit einem geringen Mailaufkommen auf der Liste.

Ihr HPC-Team

Mogon 2 coming soon

Liebe HPC-Nutzer,

Das Hochleistungsrechnen ist eines der dynamischsten Bereiche in der ohnehin schnelllebigen IT-Welt. Nun wird die Technik in Kaiserslautern und Mainz erweitert. Mit dem Ziel, weiterhin Kapazitäten im Hochleistungsrechen nach dem Stand der Technik für die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Landes bereitzustellen.

Für Mogon II werden in Mainz 8,7 Millionen Euro investiert. Die Investition umfasst dabei ein neues Cluster sowie einen neuen Fileserver. Bereits mit der ersten Ausbaustufe des neuen Hochleistungsrechner Mogon II an der JGU ist Rheinland-Pfalz wieder in der Liga der 500 leistungsstärksten Rechner der Welt vertreten (Platz 265, November 2016). Besonders stolz ist man darauf, dass man im Vergleich mit den anderen Clustern identischer Prozessorarchitektur (Broadwell, Xeon E5-2630v4) das effizienteste System in der TOP500 betreibt und damit eine Platzierung in der Top100 in der GREEN500 erzielen konnte (Platz 70).

Die aktuelle Systemkonfiguration von Mogon II findet Sie hier.

Weitere Informationen werden in Kürze veröffentlcht.

Ihr HPC-Team

Valgrind on Mogon

Dear Developers,

If interested in finding memory leaks or finding cache misses you might heard of the Valgrind Tool Suite . This tool suite can be used on Mogon, too. You can find the relevant documentation (and the reference to the really good Valgrind documentation), here.

Your HPC-Team

Forschungshighlight: Molecular Dynamics on MOGON’s GPU’s

Es ist uns eine Freude Sie auf eine aktuelle Veröffentlichung aus dem Fachbereich Physik hinzuweisen, die durch die Nutzung der GPU-Knoten von MOGON möglich wurde:
"Anomalous Fluctuations of Nematic Order in Solutions of Semiflexible Polymers" von S.A.Egorov, A.Milchev, K.Binder, erschienen inPhysical Review Letters 116, 187801 (2016).
(Alternativ hier)

(a) (a) Snapshot of a system of semiflexible polymers with length N = 32, stiffness \(\epsilon_b = 100 \) , at concentration \(\rho = 0.6 \) (deep in the nematic phase) (b) Typical conformation of a semiflexible polymer in the nematic phase (N = 64, \(\epsilon_b = 16\), \(\rho = 0.4\). (c) Schematic description of nematic order: each chain has its own cylindrical (bent) tube of diameter \(2r_{\rho}\), defined such that it contains only monomers from the considered chain. The tube is placed inside a straight wider cylinder of diameter \(2r_{eff}\). The definition of the deflection length \(\lambda\) is indicated.
(a) Snapshot of a system of semiflexible polymers with length N = 32, stiffness \(\epsilon_b = 100 \) , at concentration \(\rho = 0.6 \) (deep in the nematic phase) (b) Typical conformation of a semiflexible polymer in the nematic phase (N = 64, \(\epsilon_b = 16\), \(\rho = 0.4\). (c) Schematic description of nematic order: each chain has its own cylindrical (bent) tube of diameter \(2r_{\rho}\), defined such that it contains only monomers from the considered chain. The tube is placed inside a straight wider cylinder of diameter \(2r_{eff}\). The definition of the deflection length \(\lambda\) is indicated.
Plot of the deviation from perfect nematic order, \(1-S\), vs the relative reduction \(1 - \langle R^2_e \rangle^{1/2}/L\) of the end-to-end distance for three choices of N = 32, 64, and 128, and three choices of the \(N/\epsilon_b =\) 1, 2, and 4, as indicated. Different points with the same symbol refer to different choices of the density \(\rho\). The fully stretched chain would be the origin of the plot whereas the straight line shows \(1-S = 3\frac{\lambda}{\ell_p}\). Rigid rods would correspond to the ordinate axis here.
Plot of the deviation from perfect nematic order, \(1-S\), vs the relative reduction \(1 - \langle R^2_e \rangle^{1/2}/L\) of the end-to-end distance for three choices of N = 32, 64, and 128, and three choices of the \(N/\epsilon_b =\) 1, 2, and 4, as indicated. Different points with the same symbol refer to different choices of the density \(\rho\). The fully stretched chain would be the origin of the plot whereas the straight line shows \(1-S = 3\frac{\lambda}{\ell_p}\). Rigid rods would correspond to the ordinate axis here.

The nematic ordering in semiflexible polymers with contour length \(L\) exceeding their persistence length \(\ell_{p}\) is described by a confinement of the polymers in a cylinder of radius \(r_{eff}\) much larger than the radius \(r_{\rho}\) expected from the respective concentration of the solution. Large scale Molecular Dynamics simulations combined with Density Functional Theory are used to locate the Isotropic-Nematic \((I−N)\)-transition and to validate this cylindrical confinement. Anomalous fluctuations, due to chain deflections from neighboring chains in the nematic phase are proposed. Considering deflections as collective excitations in the nematically ordered phase of semiflexible polymers elucidates the origins of shortcomings in the description of the \(I−N\) transition by existing theories.

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Carl-Zeiss-Stiftung fördert Kompetenzzentrum für HPC in den Naturwissenschaften in Mainz

Die Carl-Zeiss-Stiftung fördert das Forschungsstrukturkonzept "Kompetenzzentrum für HPC in den Naturwissenschaften" des Instituts für Informatik der Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU) mit insgesamt 750.000 Euro über vier Jahre. Das geplante Methodenkompetenzzentrum für High Performance Computing (HPC) unter Koordination von Univ.-Prof. Dr. Bertil Schmidt, geschäftsführender Leiter des Instituts für Informatik, und Univ.-Prof. Dr. André Brinkmann, Leiter des Zentrums für Datenverarbeitung (ZDV) der JGU, wird die interdisziplinäre Zusammenarbeit der Naturwissenschaften mit der Informatik an der Johannes Gutenberg-Universität Mainz nachhaltig stimulieren. [mehr]